1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' |
...gtatatttcatctctatttcttcgttattgatctcaatatcacatcattgtcgagtttggtatttcgctcaggtgacattttgctaacttgtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGCAAACATGGCGTACCCCACCGTGTGGTTAGGTATCACTTGTAATCCATT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g42420.1 |
intron # | 24 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|218496980|gb|FG962464.1|FG962464
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGACCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG TATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAATATCTAGTTTEST: gi|58679628|gb|CK068315.1|CK068315
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAA-ATCTAGTTT
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|88269323|gb|CI380621.1|CI380621
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|5004100|gb|AU069249.1|AU069249
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: GCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|8527388|gb|AU092203.1|AU092203
genomic: GCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTNCCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATNCCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|58693556|gb|CK082243.1|CK082243
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|29629130|gb|CB634141.1|CB634141
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|163922921|gb|EG712746.1|EG712746
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|86845444|gb|CI340487.1|CI340487
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTTTATACCTGTGATGGGTCTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|38468516|gb|CF952647.1|CF952647
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|88283673|gb|CI405119.1|CI405119
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|88901903|gb|CI374511.1|CI374511
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGEST: gi|29627724|gb|CB632735.1|CB632735
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
EST: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAG GATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
genomic: TGGAGCTTGAGGAAGAGCAGTTAGAGCAGTTACCTGCTGATGGCTAAAAGgttgatgtta ... gtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTG
cattgtcgagtttggtatttcgctcaggtgacattttgctaacttgtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGCAAACATGGCGTACCCCACCGTGTGGTTAGGTATCACTTGTAATCCATT
tgctaac putative branch site (score: 7)
acatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatttcatctctatttcttcgttattgatctcaatatcacatcattgtcgagtttggtatttcgctcaggtgacattttgctaacttgtgcatgcagGATGTGTATACCTGTGATGGGTGTATCCACCAGCTGTCCAAATCTAGTTTGCAAACATGGCGTACCCCACCGTGTGGTTAGGTATCACTTGTAATCCATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgct