Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatagtcccctacatgcctacactgctttgtgtttctgttgggtatggtaatcttagtcctggcgaccatcatgttattgttgatgcccatttttgcatcttttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAACCAGATTGCGGTCGGCATGAGCGATGGTGCTGTTCATGTGGTGGAGCCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g06480.1
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58663285|gb|CK051971.1|CK051971
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCTTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|58683930|gb|CK072617.1|CK072617
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCAACTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCC
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCC
EST: gi|29616635|gb|CB621647.1|CB621647
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCTTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|58683700|gb|CK072387.1|CK072387
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCG
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCG
EST: gi|163926982|gb|EG715156.1|EG715156
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|86481208|gb|CI123841.1|CI123841
EST:     CTTCCATGTCTAG                         TGGTTGGAAGTGTTTAACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCT
genomic: CTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGG-TGGAAGTGTTT-ACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCT
EST: gi|218503401|gb|FG968899.1|FG968899
EST:     TGCGATGCA-GATA-CA-C-TCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCTTTGGAGCCTAA
genomic: TGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|55408594|gb|CV720970.1|CV720970
EST:     CCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
genomic: CCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|8956406|gb|BE230209.1|BE230209
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCTTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|33801489|gb|CF326617.1|CF326617
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|58588776|gb|CF987084.1|CF987084
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCTTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|27577716|gb|CB000411.1|CB000411
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCCCATCCCTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|29665199|gb|CB661474.1|CB661474
EST:     GATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTGTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
genomic: GATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|33666456|gb|CF297423.1|CF297423
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TNGGTGGAAGTGTTTACCCCAATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCT
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagT-GGTGGAAGTGTTTACCCCA-TGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCT
EST: gi|8956186|gb|BE229990.1|BE229990
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCTTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|8956739|gb|BE230542.1|BE230542
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCTTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
EST: gi|55441342|gb|CV733987.1|CV733987
EST:     CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAG                         TGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA
genomic: CTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 58

CCGGATTTTGTGATGGTGCAATTGGAGTCTTCGAAGCAGAGTCTCTTAGGCTGCGATGCAGGATAGCACCTTCTGCATACATACCACCTTCCATGTCTAGgtatgtatag ... tttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAACCAGATTGCGGTCGGCATGAGCGATGGTGCTGTTCATGTGGTGGAGCCG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcctggcgaccatcatgttattgttgatgcccatttttgcatcttttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAACCAGATTGCGGTCGGCATGAGCGATGGTGCTGTTCATGTGGTGGAGCCG
                      tgttgat  putative branch site (score: 58)
                                  tttttgcatcttttcc  putative PPT
               atgttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtatagtcccctacatgcctacactgctttgtgtttctgttgggtatggtaatcttagtcctggcgaccatcatgttattgttgatgcccatttttgcatcttttccaacagTGGTGGAAGTGTTTACCCCATGGTTGTCGCTGCGCATCCCTTGGAGCCTAACCAGATTGCGGTCGGCATGAGCGATGGTGCTGTTCATGTGGTGGAGCCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG