Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtaggatggaatttctttgagtagttcttttgtttgcaatattttttgagtagttctttatctgctgttcttaagcttcatgctatttttcatgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAGACTCAGCCACGCTCGTTTGATGTTATTTTGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g49940.2
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g49940.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 24
lower sequence: GRMZM2G466139_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 21
gtaggatggaatttctttgagtagttcttttgtttgcaatattttttgagtagttctttatctgctgttcttaagcttcatgct-atttttcatgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAGACTCAGCCACGCTCGTTTGATGTTATTTTGCAG
  |  |   |    ||  |    |   ||  ||  |     | || | | |  || | |   ||  | ||| |  |||     | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||| || ||||||||  | || |||
agatcacaaagaaactaaggaaggccattaagtaggtttcctgttctcacttattgtctcattga-gctctgagcctttggatttatttttcttgctgcagATATGGAAAATGCCGAAGCTCTGGGTTGGGTTTTTAAAATTGTCATTCCAGACTCAGCCACGTTCTTTTGATGTCTTATTACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29644685|gb|CB649692.1|CB649692
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|27577961|gb|CB000656.1|CB000656
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|87004655|gb|CI300977.1|CI300977
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|163925961|gb|EG714989.1|EG714989
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
EST: gi|33794819|gb|CF323289.1|CF323289
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATC
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGG--TTGGGTTCTTAAAATTGGCATATC
EST: gi|300215772|gb|HO088398.1|HO088398
EST:     GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAG                         ATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG
genomic: GTTGATTTTGTCATGGAAATACTCTCCAGGCTTGTTAATAAGCAGgttagttatg ... catgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgagtagttctttatctgctgttcttaagcttcatgctatttttcatgctgcagATATGGAAAATGCCAAAGCTGTGGGTTGGGTTCTTAAAATTGGCATATCAGACTCAGCCACGCTCGTTTGATGTTATTTTGCAG
                                     ctatttttc  CT-rich tract
                                      tatttttcat  TA-rich tract