1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' |
gtaagctaagctatcatctagtatggtgtcgtgaaatgacaagtcatgcacgttttgcaggaattttacatggtactctgtacttaggaatgcagtgctaatcagctgtactaatattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCTTGTCGGAAGTCTGGGAGAGCTTTGAAATGTGCGCGCTATGTGATGTTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g27040.1 |
intron # | 24 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCG GGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCEST: gi|2442943|gb|C74714.1|C74714
genomic: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCGgtaagctaag ... tattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
EST: ATGACTATGTGGGCTCG GGAAGGCGTAA-CGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCEST: gi|58680214|gb|CK068901.1|CK068901
genomic: ATGACTATGTGGGCTCGgtaagctaag ... tattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
EST: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCG GGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCEST: gi|58665521|gb|CK054207.1|CK054207
genomic: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCGgtaagctaag ... tattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
EST: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCG GGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCEST: gi|86429736|gb|CI082159.1|CI082159
genomic: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCGgtaagctaag ... tattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
EST: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCG GGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCEST: gi|396941444|gb|HO188653.1|HO188653
genomic: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCGgtaagctaag ... tattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
EST: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCG GGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCEST: gi|88841878|gb|CI081134.1|CI081134
genomic: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCGgtaagctaag ... tattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
EST: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCG GGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
genomic: ATTCTTTCAAGAGGCGACGCCAGTCCCTTATGGATGACTATGTGGGCTCGgtaagctaag ... tattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGC
atggtactctgtacttaggaatgcagtgctaatcagctgtactaatattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCTTGTCGGAAGTCTGGGAGAGCTTTGAAATGTGCGCGCTATGTGATGTTT
tactaat putative branch site (score: 17)
tgtactaatatttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagctaagctatcatctagtatggtgtcgtgaaatgacaagtcatgcacgttttgcaggaattttacatggtactctgtacttaggaatgcagtgctaatcagctgtactaatattttacagGGAAGGCGTAAGCGAGGTTGATCGGGCGTTGCCTGCTGCTCCCTTTCAAGCTTGTCGGAAGTCTGGGAGAGCTTTGAAATGTGCGCGCTATGTGATGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT