1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' |
gtatatatctcgttcaaagatcttggtagtggacatattagctaaaccagtcacatggattctcagttttttctctactgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGGTTTGTGTTGGTCAAGCAGTTGACGTCGTCGGTCAGGCGGGTCGACCCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g15750.1 |
intron # | 23 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|86592847|gb|CI270404.1|CI270404
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|86492954|gb|CI135587.1|CI135587
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|8856938|gb|AU094256.1|AU094256
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|58591305|gb|CF989613.1|CF989613
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|86478141|gb|CI120774.1|CI120774
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: CCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|87016283|gb|CI271694.1|CI271694
genomic: CCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|88249096|gb|CI248945.1|CI248945
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|29626609|gb|CB631620.1|CB631620
genomic: TGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|8527826|gb|AU092641.1|AU092641
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTNAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|29644400|gb|CB649407.1|CB649407
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGEST: gi|218478818|gb|FG953673.1|FG953673
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAG CCTAGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|86479306|gb|CI121939.1|CI121939
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: CATGCTTGATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGEST: gi|27920720|gb|CB096528.1|CB096528
genomic: CATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
EST: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAG CCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTGCCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
gacatattagctaaaccagtcacatggattctcagttttttctctactgaaacagCCTCGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGGTTTGTGTTGGTCAAGCAGTTGACGTCGTCGGTCAGGCGGGTCGACCCA
agctaaa putative branch site (score: 14)
ttttttctctact putative PPT
agtttttt TA-rich tract