Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatatctcgttcaaagatcttggtagtgggcatatagctaaaccagtcacatggattctcagttctctctactgtaacagCCTAGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGGTACGTGTTGGCCAAGCAGTTGATGTCGTCGGTCAGGCAGGTAGACCCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g48640.2
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29614662|gb|CB619675.1|CB619675
EST:     TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAG                         CCTANGATGCTATTGACTGTGGA
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgtaacagCCTAGGATGCTATTGACTGTGGA
EST: gi|58590730|gb|CF989038.1|CF989038
EST:     TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAG                         CCTAGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG
genomic: TTCTGGGGAAGTACCATTACATGCTTTATATCCTTACCCTAGCTATGCAGgtatatatct ... actgtaacagCCTAGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgggcatatagctaaaccagtcacatggattctcagttctctctactgtaacagCCTAGGATGCTATTGACTGTGGATGAGGATCTCAAGCCCCTCTCTGTTCCGGTACGTGTTGGCCAAGCAGTTGATGTCGTCGGTCAGGCAGGTAGACCCA
          agctaaa  putative branch site (score: 3)
                                     ttctctctact  putative PPT
      atata  TA-rich tract