Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtggcagttccttttttgtgttatcacactgttatttgtactattttcagatggcataccaatctgtaccaaatttcctgcagATGAACATGGTCTTGATTTTGAGCAATATGGCATCCTTATAAAGGTCAAGTTTAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g51790.2
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g51790.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 23
lower sequence: GRMZM2G440916_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 23
gtatgtgtggcagttccttttttgtgttatcacactgttatttgtactattttcagatggcataccaatc--tgtaccaaa--tttcctgcagATGAACATGGTCTTGATTTTGAGCAATATGGCATCCTTATAAAGGTCAAGTTTAG
|||||| ||            || ||||    | |  || |||||  | |||   |||  ||  | |||    ||  ||||  |||| ||||||||| || ||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||
gtatgtatga-----------ttttgtttcttcgccattgtttgttttgttt---gataacaccctaattgtcgtgtcaaacctttcttgcagATGAGCACGGTATTGATTTTGATCACTATGGTATTCTTATAAAGGTGAAATTTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87019115|gb|CI297316.1|CI297316
EST:     GTTTAGTCGTAACTTTCAAGAAATGGCTGTTGCTGGAGAAGTTTCACTTG                         ATGAACATGGTCTTGATTTTGAGCAATATGGCATCCTTATAAAGGTCAAGT
genomic: GTTTAGTCGTAACTTTCAAGAAATGGCTGTTGCTGGAGAAGTTTCACTTGgtatgtgtgg ... tttcctgcagATGAACATGGTCTTGATTTTGAGCAATATGGCATCCTTATAAAGGTCAAGT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgttatttgtactattttcagatggcataccaatctgtaccaaatttcctgcagATGAACATGGTCTTGATTTTGAGCAATATGGCATCCTTATAAAGGTCAAGTTTAG
                                             tttcctgc  CT-rich tract
     atttgtactatttt  TA-rich tract