Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttatttactgaactatcaactcacaccatagagcaagccacttctgtttgtctttactgtttatacttttcctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTACAGATACCATCAAGTCGTCCATCATCTATAATCTTAGACACACGTGTTC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14980.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27554431|gb|CA998331.1|CA998331
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58657128|gb|CK045808.1|CK045808
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58677432|gb|CK066119.1|CK066119
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58655231|gb|CK043911.1|CK043911
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58691548|gb|CK080235.1|CK080235
EST:     CTTTTTCAAATGTATTACATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTG
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTG
EST: gi|58594272|gb|CF992580.1|CF992580
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58657970|gb|CK046650.1|CK046650
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGCGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|163926688|gb|EG713704.1|EG713704
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58694029|gb|CK082716.1|CK082716
EST:     AATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: AATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58656462|gb|CK045142.1|CK045142
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|218501279|gb|FG957977.1|FG957977
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|218487225|gb|FG954419.1|FG954419
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|29680680|gb|CB676955.1|CB676955
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58689471|gb|CK078158.1|CK078158
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58694923|gb|CK083610.1|CK083610
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|29673860|gb|CB670135.1|CB670135
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
EST: gi|58590233|gb|CF988541.1|CF988541
EST:     CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAG                         ATGTGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA
genomic: CTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 65 (upstream exon), 68 (downstream exon)
Score: 77

GTCAAAAGCAAACTTCGAGGGCACTCTAAGAAAATTACTGGACTTGCTTTTTCAAATGTATTAAATGTGTTAGTCTCTTCTGGAGCTGATGCGCAGgttatttact ... ctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTACAGATACCATCAAGTCGTCCATCATCTATAATCTTAGACACACGTGTTC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catagagcaagccacttctgtttgtctttactgtttatacttttcctccttgtagATATGTGTGTGGAGCACAGATGGGTGGGATAAATTAAAGAGCAGAATGTTACAGATACCATCAAGTCGTCCATCATCTATAATCTTAGACACACGTGTTC
                        tctttactgtttatac  CT-rich tract
                                 tttatactttt  TA-rich tract