Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaattttcctatatattgtgcagaattaaatgtcactttgtgtgcatacttcatcctccatgctcttgttagtcccatgtctagccatcctttagcctgttttgttaaaaaaaaaagattctgatcgcggtggcaagtggactatatatttgtttctgaatcaatggtcattggaatggaattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATCCAATCTCCAGCAAATCGTTCTGGTGCTTTAGTTGGTGATACAAGGGTGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g06480.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58683930|gb|CK072617.1|CK072617
EST:     ATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: ATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|58683700|gb|CK072387.1|CK072387
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|33793091|gb|CF322427.1|CF322427
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|58596216|gb|CK006744.1|CK006744
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|58687154|gb|CK075841.1|CK075841
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|58667666|gb|CK056352.1|CK056352
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|27577716|gb|CB000411.1|CB000411
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|58608562|gb|CK036595.1|CK036595
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
EST: gi|58674933|gb|CK063620.1|CK063620
EST:     ATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATTGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTTGGGAAAA
genomic: ATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGAT-GCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTT-GGGAAAA
EST: gi|33666456|gb|CF297423.1|CF297423
EST:     CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAG                         CTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC
genomic: CATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 69 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 80

GTTAAAAGCAAGCTTAAGGGACATTCAAAAAAGATCACTGGGCTGGCATTTTCGCAGTCAATGAATATGCTTGTATCTTCAGGTGCTGATGCTCAGgtatgaattt ... aattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATCCAATCTCCAGCAAATCGTTCTGGTGCTTTAGTTGGTGATACAAGGGTGC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagtggactatatatttgtttctgaatcaatggtcattggaatggaattttgcagCTATGTGCTTGGAGCATTGATGGTTGGGAAAAGAAGAAATCAAGATATATCCAATCTCCAGCAAATCGTTCTGGTGCTTTAGTTGGTGATACAAGGGTGC
      actatatatttgttt  TA-rich tract