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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttcttgttcatgtctcctctccaatatgcttgttgtaccaagaacttgttaacatgttattatttgcagAAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATATAACAATATACAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g18030.3
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88541073|gb|CI469165.1|CI469165
EST:     AAATTATCCTTGGCTCCTCTAGTCTTGATGATCCACCCCAGTTCATCACT                         AAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATA
genomic: AAATTATCCTTGGCTCCTCTAGTCTTGATGATCCACCCCAGTTCATCACTgtaagtttct ... ttatttgcagAAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATA
EST: gi|88521877|gb|CI449597.1|CI449597
EST:     AAATTATCCTTGGCTCCTCTAGTCTTGATGATCCACCCCAGTTCATCACT                         AAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATA
genomic: AAATTATCCTTGGCTCCTCTAGTCTTGATGATCCACCCCAGTTCATCACTgtaagtttct ... ttatttgcagAAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATA
EST: gi|88835711|gb|CI370816.1|CI370816
EST:     AAATTATCCTTGGCTCCTCTAGTCTTGATGATCCACCCCAGTTCATCACT                         AAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATA
genomic: AAATTATCCTTGGCTCCTCTAGTCTTGATGATCCACCCCAGTTCATCACTgtaagtttct ... ttatttgcagAAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctctccaatatgcttgttgtaccaagaacttgttaacatgttattatttgcagAAATTAAAAATGTTATCAACCGATGATTTGACACTTGACGATCTACAGATATAACAATATACAAAG
                                tgttaac  putative branch site (score: 2)
 ttaacatgttattatt  TA-rich tract