Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtctatggaagtttaatgcccctcatgaataatgaaatagagctcctgatcagggaaaaatggaagttccttatttttgtgacttctatctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGGAACACAATACTCAGGCCAATTATAACCAATAGCAAAGAGGTGATGATAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g14654.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g14654.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
lower sequence: GRMZM2G003734_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 22
-tgtctatggaagtttaatgcccctcatgaataatgaaatagagctcctgatcagggaaaaatggaagttccttatttttgtgacttctatctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGGAACACAATACTCAGGCCAATTATAACCAATAGCAAAGAGGTGATGATAT
   |  |  | | |||  |      ||   | || | | | |  |  |   ||||     | |     |  |||  |           | | || | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||| |||||| |
agttggactgcacttttttcttgaacacacacaaagtagttggaccacacttcagttcttagttttcttcacttcgtaccacttgccttgtgta-ttgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGAAACACAATACTCAGACCCATTATAGCAAATAGCAAAGAGGGGATGATGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86835485|gb|CI347942.1|CI347942
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|86866302|gb|CI336927.1|CI336927
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|86599219|gb|CI355836.1|CI355836
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|88269427|gb|CI380725.1|CI380725
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|88384593|gb|CI554085.1|CI554085
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|58603195|gb|CK013723.1|CK013723
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|86846270|gb|CI339858.1|CI339858
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|88273383|gb|CI393789.1|CI393789
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|88266184|gb|CI377086.1|CI377086
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|88460269|gb|CI529344.1|CI529344
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|86884627|gb|CI313006.1|CI313006
EST:     GTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGGTTTTCAATGG
genomic: GTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAA-GGTTGTCAATGG
EST: gi|88250349|gb|CI348579.1|CI348579
EST:     GTGGGTTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
EST: gi|86432914|gb|CI093257.1|CI093257
EST:     GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAG                         GAAGGGATGGGCTATGACCTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG
genomic: GTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttg ... ctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctgatcagggaaaaatggaagttccttatttttgtgacttctatctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGGAACACAATACTCAGGCCAATTATAACCAATAGCAAAGAGGTGATGATAT
 tcctgat  putative branch site (score: 3)
                                      cttctatct  putative PPT
                          ttatttttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtctatggaagtttaatgcccctcatgaataatgaaatagagctcctgatcagggaaaaatggaagttccttatttttgtgacttctatctactcgcagGAAGGGATGGGCTATGACTTCCTTGTTGCGACCACAAAGGTTGTCAATGGGAACACAATACTCAGGCCAATTATAACCAATAGCAAAGAGGTGATGATAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG