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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgcttagcttttcctggttgtgctatacttacaatgtcactggacactcgttcttagtagccttcttgttccagGATACAATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60040.2
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
lower sequence: GRMZM2G009849_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
--------------------gtttgcttagcttttcctggttg---tgctat-acttacaatgtcactggacactcgttcttagtagccttcttgttccagGATACAATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCG
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upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
lower sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 22
gtttgcttagcttttcctggttgtgctatacttacaatgtcactggacactcgttcttagtagccttc-ttgttccagGATACAATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCG
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upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
lower sequence: Vv10s0116g00460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
----------------------------------------gtttgctt--agcttttcctggttgtgcta--tacttacaatgtcactggacactcgttc------ttagtagcc-ttcttgttc---cagGATACAATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCG
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upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
lower sequence: EFJ15655 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 21
gtttgcttagcttttcctggttgtgctatacttacaatgtca--ctggacactcgttcttagtagccttcttgt--tccagGATACAATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCG
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upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 22
lower sequence: EFJ11209 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 21
gtttgcttagcttttcctggttgtgctatacttacaatgtca--ctggacactcgttcttagtagccttcttgt--tccagGATACAATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCG
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgctatacttacaatgtcactggacactcgttcttagtagccttcttgttccagGATACAATCGATTTCTGCAAAGACATTGGTCTGCAGTCTAGTGCTGCTGCAACGAGAAATGCAACTATCAAACTAATTGGGGTTCTGCACAAGTTTGTCG
      tacttac  putative branch site (score: 1)
                                         ccttcttgttcc  putative PPT
     atactta  TA-rich tract