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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtaaatcaagcgtcattttttttaagttggagaagttaaatcggtttgagttttcaggtcagcctagcggcgaggcagctaatgtataggttgctacatagGGATCCTGCCAACAGGCTAGGGTCCTACGAGGGAGCCAATGAGATAAAAGGACATCCCTTTTTCCGTGGTATAAATTGGCCTCTTATACGCGCCACG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g01140.3
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86889483|gb|CI317283.1|CI317283
EST:     ATTTGCTAATATCTTGCAGCAAGGATATCAGATTTCCTGCTAGTATATCG                         GGATCCTGCCAACAGGCTAGGGTCCTACGA-GGAGCCAATGAGATAAAA-G
genomic: ATTTGCTAATATCTTGCA-CAAGGATATCAGATTTCCTGCTAGTATATCGgtaagtaaat ... tgctacatagGGATCCTGCCAACAGGCTAGGGTCCTACGAGGGAGCCAATGAGATAAAAGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgagttttcaggtcagcctagcggcgaggcagctaatgtataggttgctacatagGGATCCTGCCAACAGGCTAGGGTCCTACGAGGGAGCCAATGAGATAAAAGGACATCCCTTTTTCCGTGGTATAAATTGGCCTCTTATACGCGCCACG
                              agctaat  putative branch site (score: 3)
                                 taatgtata  TA-rich tract