1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' |
gttagggaaatcacagccactctatttagcactactaatatcctccaaaggaagattgttcttatttttatcgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAACTGACAACTAGGCTAGACTTCTTCAAAGAGCGGAGGTCGCAACTGATGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g24180.1 |
intron # | 21 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|86520639|gb|CI160845.1|CI160845
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGCCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|86477494|gb|CI120127.1|CI120127
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|88229739|gb|CI229615.1|CI229615
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|88966345|gb|CI119480.1|CI119480
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|29678508|gb|CB674783.1|CB674783
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|66916117|gb|CX102965.1|CX102965
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|86482299|gb|CI124932.1|CI124932
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAAEST: gi|88842382|gb|CI081638.1|CI081638
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
EST: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAG GGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
genomic: TGCCAACAGATAACACTGCTATGGCTATCAATGCCCCAAAGTTTACTGAGgttagggaaa ... cgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAA
tagcactactaatatcctccaaaggaagattgttcttatttttatcgtatggcagGGTGTTGATTATGGGAGGCAACCAATGGTGGCCTCCTCCACTTTGGTAGAACTGACAACTAGGCTAGACTTCTTCAAAGAGCGGAGGTCGCAACTGATGG
tactaat putative branch site (score: 4)
ttcttatttttatc putative PPT
attgttcttattttta TA-rich tract