Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatggttacattactgtatcagacatggttatggttacgaggtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g01140.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g01140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G001457_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatggttacattactgtatcagacatggttatggttacgaggtggtg-gtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                                                                                                    || |  ||| ||  || | | |  |   | |  || |  | ||    ||   | | ||| ||  |   |||| | ||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaactaatcttg--tgctaaaagaaacatgtatgatacagctac---tatatgatagtgagttctctttctactggttgtgtcagGAATTCTTCTATATGAGATGTTATATGGTTATACACCGTTCAGAGGGAAAACAAGACAAAGGACATTTGCTAATATTCTGCACAAGGATATCAGATTTCC

upper sequence: LOC_Os12g01140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA12G07890.2 (Glycine max), 3'ss of exon 21
gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatggttacattactgtatcagacatggttatggttacgag-gtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                                                                               |||  || |     | ||  ||| | |||    |    | |||| |    |  | ||| || ||   | |  |   |  |   | || ||   ||  ||  |||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| || |||||| | |||||| | |||||  | ||||||||  | | ||||||
-----------------------------------------------------------------------------------------------gaatttaatggccgaaac--ttaacctattggtctctttcacataa----aagacacacggatacactaaaaaacatactttgactgcatgccttacttttttcagGAATTCTTTTATATGAAATGTTTTATGGGTATACACCATTCAGGGGAAAGACTAGGCAAAGAACATTTACAAATATTCTCCACAAGGACCTTAAATTTCC

upper sequence: LOC_Os12g01140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
lower sequence: Vv06s0004g03700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 20
gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatg-gttacattactgtatcagacatggttatggttacgaggtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                                                                                 ||||| | || |      |     |  | |   ||   || |   ||  ||   |  |   ||  |||      |  || |     || | |||| |  || ||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||  ||||||||| || ||  | ||||| ||| | | ||||||
-------------------------------------------------------------------------------------------------aaatactatatatgtgtgtgtgtgttccctttgtgcactaaaactcttaattttaactcaatactgtttt----ttctgattgattatatgtttgctcttttagGCATTCTTCTATATGAAATGCTTTATGGATATACACCATTTAGGGGAAAGACAAGGCAAAAGACATTTGCCAACATTCTTCACAAAGATCTTAAATTTCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29644412|gb|CB649419.1|CB649419
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|25806002|gb|CA761963.1|CA761963
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|66913937|gb|CX100785.1|CX100785
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCAATACAAGCGCTGTTGACTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29621738|gb|CB626749.1|CB626749
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|58695632|gb|CK084319.1|CK084319
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29623925|gb|CB628936.1|CB628936
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29630467|gb|CB635476.1|CB635476
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29641401|gb|CB646408.1|CB646408
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29663823|gb|CB660098.1|CB660098
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29678745|gb|CB675020.1|CB675020
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|18386007|gb|BM419206.1|BM419206
EST:     ATAC-AGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: ATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|88299110|gb|CI570080.1|CI570080
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29630120|gb|CB635129.1|CB635129
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29634078|gb|CB639087.1|CB639087
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29672021|gb|CB668296.1|CB668296
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|58695041|gb|CK083728.1|CK083728
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29623926|gb|CB628937.1|CB628937
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29624138|gb|CB629149.1|CB629149
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29646711|gb|CB651718.1|CB651718
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|33680724|gb|CF308963.1|CF308963
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29622724|gb|CB627735.1|CB627735
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29674379|gb|CB670654.1|CB670654
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29677072|gb|CB673347.1|CB673347
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 52 (upstream exon), 60 (downstream exon)
Score: 19

GAGATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcagacatggttatggttacgaggtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                            tgttgat  putative branch site (score: 19)
                               taatgaatctattt  TA-rich tract