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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttattaactttattatctttattgggtatgtaattatgtttatgtatctgcagtctgcataattaatgcttgaggttatcactgtcatcccagGCACTGAAGACTGCTGGAATTGATTCTTTTGAGAGTTTGGCAACTGCTGATGCTAGGAAGATAGAATCCGTAACAGGACGAAATTATCCATTTGGAGATA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g40450.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g40450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G346278_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 16
gttattaactttattatctttattgggtatgtaattatgtttatgtatctgcagtctgcataattaatgcttgaggttatcact-gtcatcccagGCACTGAAGACTGCTGGAATTGATTCTTTTGAGAGTTTGGCAACTGCTGATGCTAGGAAGATAGAATCCGTAACAGGACGAAATTATCCATTTGGAGATA
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gttattaattttgtgatt-------gctatataa--acacttttgtatctgcagtcagcataattaattcttgagttgatcacttgccacctcagGCTCTGAAGACTGCTGGAGTTTATAGCTTTGAGACCTTGGCAACTGCTGATGCAAGAAAGATAGAATTGGCCACAGGGCGCAATTATCCATTTGGGAATC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttatgtatctgcagtctgcataattaatgcttgaggttatcactgtcatcccagGCACTGAAGACTGCTGGAATTGATTCTTTTGAGAGTTTGGCAACTGCTGATGCTAGGAAGATAGAATCCGTAACAGGACGAAATTATCCATTTGGAGATA
                      aattaat  putative branch site (score: 3)
                                              tcatccc  putative PPT
                    ataattaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttattaactttattatctttattgggtatgtaattatgtttatgtatctgcagtctgcataattaatgcttgaggttatcactgtcatcccagGCACTGAAGACTGCTGGAATTGATTCTTTTGAGAGTTTGGCAACTGCTGATGCTAGGAAGATAGAATCCGTAACAGGACGAAATTATCCATTTGGAGATA

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