1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gtatatggttcatgttgtgatgaaaaaaataggatgagtcctcaaacatgccatgatgtaattgaattgtgatctctactaaagaaacattatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACACACACCTTGGTGGCGATGACTTCGATAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g14070.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTG TATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACAEST: gi|58688010|gb|CK076697.1|CK076697
genomic: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTGgtatgttatg ... tatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACA
EST: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTG TATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACAEST: gi|33799830|gb|CF325781.1|CF325781
genomic: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTGgtatgttatg ... tatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACA
EST: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTG TATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACAEST: gi|29614003|gb|CB619016.1|CB619016
genomic: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTGgtatgttatg ... tatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACA
EST: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTG TATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACAEST: gi|29613315|gb|CB618328.1|CB618328
genomic: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTGgtatgttatg ... tatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACA
EST: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTG TATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACA
genomic: CGAAACGATTCTTGTGTTTGACTTGGGAGGCGGTACCTTTGATGTCTCTGgtatgttatg ... tatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACA
acatgccatgatgtaattgaattgtgatctctactaaagaaacattatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACACACACCTTGGTGGCGATGACTTCGATAAG
tactaaa putative branch site (score: 275)
ttatcct putative PPT
taaagaaacattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatggttcatgttgtgatgaaaaaaataggatgagtcctcaaacatgccatgatgtaattgaattgtgatctctactaaagaaacattatcctgcagTATTGGAGGTTGGAGATGGTGTGTTTGAGGTGCTTTCCACATCTGGTGACACACACCTTGGTGGCGATGACTTCGATAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - catgttg
- - - - - - - - -tgatgaa
- - - - - - - - - - - - aaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaaa