1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aatcctgtaagccaacagtttcttttgttctgtttgtgtatgtgatgtgtgccatctggtagtctcgaatctgattttttgcaattcacttgaaacccagAGGGATACATCTGGTTTAACTGCCGAGAATAGAGAGCTCAAGCTACGGTTGCAGTCCATGGAAGAGCAAGCTAAACTACGTGATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g06520.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTGCAGACCGAGGCCACCACGCTGTCTGCACAGCTCACGCTTCTCCAG AGGGATACATCTGGTTTAACTGCCGAGAATAGAGAGCTCAAGCTACGGTTGEST: gi|218503576|gb|FG955594.1|FG955594
genomic: CACTGCAGACCGAGGCCACCACGCTGTCTGCACAGCTCACGCTTCTCCAGgtatggaact ... tgaaacccagAGGGATACATCTGGTTTAACTGCCGAGAATAGAGAGCTCAAGCTACGGTTG
EST: CACTGCAGACCGAGGCCACCACGCTGTCTGCACAGCTCACGCTTCTCCAG AGGGATACATCTGGTTTAACTGCCGAGAATAGAGAGCTCAAGCTACGGTTG
genomic: CACTGCAGACCGAGGCCACCACGCTGTCTGCACAGCTCACGCTTCTCCAGgtatggaact ... tgaaacccagAGGGATACATCTGGTTTAACTGCCGAGAATAGAGAGCTCAAGCTACGGTTG
tgtgtgccatctggtagtctcgaatctgattttttgcaattcacttgaaacccagAGGGATACATCTGGTTTAACTGCCGAGAATAGAGAGCTCAAGCTACGGTTGCAGTCCATGGAAGAGCAAGCTAAACTACGTGATG
atctgat putative branch site (score: 15)
ttcactt putative PPT
tgatttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatcctgtaagccaacagtttcttttgttctgtttgtgtatgtgatgtgtgccatctggtagtctcgaatctgattttttgcaattcacttgaaacccagAGGGATACATCTGGTTTAACTGCCGAGAATAGAGAGCTCAAGCTACGGTTGCAGTCCATGGAAGAGCAAGCTAAACTACGTGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - aagccaa
- - - - - - - - - - -cttttgt
- - - - - - - - - - - - - - -ctgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgccatc