Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgttcagagctttcaaatcaccggctttaacttgttcaatttcggcaagacatactcttcagattatcttgaatatggttgtgtgtcatcttaaccggaccatgtattgctttttggctttgataaaaatcgtcactatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAGGATTTCTCGCGAGGATTTAAGGAGCTCTTTTTGACCGCCTTCCCTGTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g04204.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29665113|gb|CB661388.1|CB661388
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29681110|gb|CB677385.1|CB677385
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29672792|gb|CB669067.1|CB669067
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAATTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29667260|gb|CB663535.1|CB663535
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29675181|gb|CB671456.1|CB671456
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29645640|gb|CB650647.1|CB650647
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|88273326|gb|CI388782.1|CI388782
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29681391|gb|CB677666.1|CB677666
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29667029|gb|CB663304.1|CB663304
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|33675075|gb|CF303314.1|CF303314
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29661293|gb|CB657568.1|CB657568
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29675125|gb|CB671400.1|CB671400
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29640820|gb|CB645827.1|CB645827
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29657161|gb|CB653436.1|CB653436
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29667028|gb|CB663303.1|CB663303
EST:     CGGAGCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAGAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|33654146|gb|CF276760.1|CF276760
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGGCGTTGGAATGATTCT
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGG-CGTTGGAATGATTCT
EST: gi|29640827|gb|CB645834.1|CB645834
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
EST: gi|29643071|gb|CB648078.1|CB648078
EST:     CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAG                         GGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
genomic: CGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAAATTTAAGgtctgttcag ... tatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaccggaccatgtattgctttttggctttgataaaaatcgtcactatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAGGATTTCTCGCGAGGATTTAAGGAGCTCTTTTTGACCGCCTTCCCTGTGG
                           tttgataaaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctgttcagagctttcaaatcaccggctttaacttgttcaatttcggcaagacatactcttcagattatcttgaatatggttgtgtgtcatcttaaccggaccatgtattgctttttggctttgataaaaatcgtcactatgtgctagGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAGGATTTCTCGCGAGGATTTAAGGAGCTCTTTTTGACCGCCTTCCCTGTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT