1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gttgtaaaaatatgtttcctccttgaacaaattaaaatagaaaaattgaaacaaatattactcacaaaaaaaccttttaacttgccaatcgaacatgtagGCAACTGCTGGACTCAGACTTATTGGAGATGACAAGACAAACTAGATTCTTGAAGCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g03030.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttgaaacaaatattactcacaaaaaaaccttttaacttgccaatcgaacatgtagGCAACTGCTGGACTCAGACTTATTGGAGATGACAAGACAAACTAGATTCTTGAAGCG
aaaaaaaccttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgtaaaaatatgtttcctccttgaacaaattaaaatagaaaaattgaaacaaatattactcacaaaaaaaccttttaacttgccaatcgaacatgtagGCAACTGCTGGACTCAGACTTATTGGAGATGACAAGACAAACTAGATTCTTGAAGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - -aaaaata
- - - - - - - - - - - - gaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acttgcc