Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagtgttacattttgctactgtagataataagtcagtttttcctagttattcatccttctgtttcaatcacctgtaaaaatgtttttatgatttctacagGTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCGGACAAAGCGGTCCAGTCACCCCAAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g43590.4
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88695288|gb|CI737791.1|CI737791
EST:     GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAG                         GTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
genomic: GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAGgtgaaaccta ... atttctacagGTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
EST: gi|88721729|gb|CI745028.1|CI745028
EST:     GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGGAG                         GTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
genomic: GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAGgtgaaaccta ... atttctacagGTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
EST: gi|88730451|gb|CI754064.1|CI754064
EST:     GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAACCTTGGAAG                         GTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
genomic: GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAGgtgaaaccta ... atttctacagGTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
EST: gi|88725142|gb|CI748401.1|CI748401
EST:     GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAG                         GTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
genomic: GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAGgtgaaaccta ... atttctacagGTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
EST: gi|88717759|gb|CI741269.1|CI741269
EST:     GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAG                         GTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG
genomic: GCAATGCCGAAGATGTTTGGTTTCTCTCGTCGACGGATGAAGCTTGGAAGgtgaaaccta ... atttctacagGTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttattcatccttctgtttcaatcacctgtaaaaatgtttttatgatttctacagGTTGAAGGGTCATTTGCATGATCCTTTTCATGGCTCCCGGAGTCCTGCTCGGACAAAGCGGTCCAGTCACCCCAAT
                                              tttctac  CT-rich tract
                             taaaaatgtttttatg  TA-rich tract