1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gcagacctgggaggaatgttgctgaaatagtgcaagaatatatcgttttgaggtggtttatatatttctgacatgaaatgggcattctattttgcaccagGATGGGGATCATTCCCTCCTGGCTGTGCTGATGTAGAACCCAGAAGATGCCGCCGCACAGACGGCAAGAAGTGGCGGTGCTCCAGAGATGCTGTTGGGGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g35030.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttttgaggtggtttatatatttctgacatgaaatgggcattctattttgcaccagGATGGGGATCATTCCCTCCTGGCTGTGCTGATGTAGAACCCAGAAGATGCCGCCGCACAGACGGCAAGAAGTGGCGGTGCTCCAGAGATGCTGTTGGGGA
ttctgac putative branch site (score: 2)
ttctatttt putative PPT
tttatatatttctga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcagacctgggaggaatgttgctgaaatagtgcaagaatatatcgttttgaggtggtttatatatttctgacatgaaatgggcattctattttgcaccagGATGGGGATCATTCCCTCCTGGCTGTGCTGATGTAGAACCCAGAAGATGCCGCCGCACAGACGGCAAGAAGTGGCGGTGCTCCAGAGATGCTGTTGGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - -gtgcaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcattc