1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aacaattaatgacatgatttagataagcttagagaacaattgcattattaaaaaaaaagatactagctgatagctagatcttcctttttccttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTTCAAGATGATGATCATGTGCTGGAAAGGCTGCAAGTGCTCATGATCTCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g32750.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGG ATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTEST: gi|44680079|gb|AB118074.1|AB118074
genomic: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGGgtatgtactt ... cttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
EST: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGG ATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTEST: gi|38472666|gb|CF956798.1|CF956798
genomic: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGGgtatgtactt ... cttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
EST: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGG ATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTEST: gi|86847426|gb|CI287005.1|CI287005
genomic: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGGgtatgtactt ... cttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
EST: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGG ATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
genomic: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGGgtatgtactt ... cttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
tattaaaaaaaaagatactagctgatagctagatcttcctttttccttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTTCAAGATGATGATCATGTGCTGGAAAGGCTGCAAGTGCTCATGATCTCG
agctgat putative branch site (score: 8)
ctagatcttccttttt putative PPT
aaaaaaaagatacta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacaattaatgacatgatttagataagcttagagaacaattgcattattaaaaaaaaagatactagctgatagctagatcttcctttttccttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTTCAAGATGATGATCATGTGCTGGAAAGGCTGCAAGTGCTCATGATCTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - -acatgat
- - - - - - - - - - - - - - - -gagaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctagctg