1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tcatctggctccagtaaatgtgcatatcttacgaagtcttcccaaagcacgccactcttagatgatagttgtcattttgcttattcatcatttgattcagCAAGTGATGAAGTTTCGACCATCTTTGGAGAATTAGATTTGGAAGCTTTGAGCAGATTGGATGGCCGAAGGTGGTCAAGCTGTAAAAGTCAGGATGGGAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g13990.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
agcacgccactcttagatgatagttgtcattttgcttattcatcatttgattcagCAAGTGATGAAGTTTCGACCATCTTTGGAGAATTAGATTTGGAAGCTTTGAGCAGATTGGATGGCCGAAGGTGGTCAAGCTGTAAAAGTCAGGATGGGAT
atttgat putative branch site (score: 3)
ttattcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcatctggctccagtaaatgtgcatatcttacgaagtcttcccaaagcacgccactcttagatgatagttgtcattttgcttattcatcatttgattcagCAAGTGATGAAGTTTCGACCATCTTTGGAGAATTAGATTTGGAAGCTTTGAGCAGATTGGATGGCCGAAGGTGGTCAAGCTGTAAAAGTCAGGATGGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - -gctccag
- - - - - - - - - -gtgcata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgct