Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tccttgacttcccctgcagtagtaaactgtgctgttgtttttacaataattcaattacctgcttataatttgatatctatctgttttcttctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g25130.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g25130.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G088064_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
tccttgacttcccctgcagtagtaaactgtgctgttgtttttacaataattcaattacctgcttat-aatttgatatctatctgtt--ttcttctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
   |     ||   ||| |    |  |  |  ||     | | | || |   |  | | |    ||  |||| || |    |  ||  || |||||||  ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||
aattaagaatcttgtgc-gctccatgccat--tggcagatctgccattaaggatctgcttcgaaattgatttaatgtagccccattgttttttctgttaacagCGCCTGCAGCAACAACTACAAACACAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|25799461|gb|CA755422.1|CA755422
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|569971|gb|D40820.1|D40820
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTNATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTNATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88461669|gb|CI695511.1|CI695511
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88725019|gb|CI748278.1|CI748278
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88732555|gb|CI755732.1|CI755732
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88742367|gb|CI765875.1|CI765875
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|87006703|gb|CI285737.1|CI285737
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGAGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88378998|gb|CI681826.1|CI681826
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88764555|gb|CI773673.1|CI773673
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88449918|gb|CI572049.1|CI572049
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88330875|gb|CI636887.1|CI636887
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88728954|gb|CI752464.1|CI752464
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88316982|gb|CI625619.1|CI625619
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGCTCTCTTCCTTTTGATGA
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGG-TCTCTTCCTTTTGATGA
EST: gi|88398649|gb|CI598614.1|CI598614
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCGACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88333364|gb|CI642401.1|CI642401
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88359809|gb|CI622499.1|CI622499
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88361410|gb|CI605191.1|CI605191
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88294606|gb|CI602326.1|CI602326
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|426561|gb|D22384.1|D22384
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|29667022|gb|CB663297.1|CB663297
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|2428328|gb|C72791.1|C72791
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88387977|gb|CI590253.1|CI590253
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88389062|gb|CI595296.1|CI595296
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|29665582|gb|CB661857.1|CB661857
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|14191907|gb|AU184118.1|AU184118
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88731781|gb|CI753501.1|CI753501
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88828116|gb|CI778681.1|CI778681
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88389245|gb|CI598043.1|CI598043
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88719418|gb|CI742928.1|CI742928
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCCTACAGACTCAACCAGGGCTCTCTTCCCTTTTGAT
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGC-TACAGACTCAACCAGGG-TCTCTTCC-TTTTGAT
EST: gi|157652418|gb|EX452052.1|EX452052
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTNNTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|157652409|gb|EX452043.1|EX452043
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTNNTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|58691201|gb|CK079888.1|CK079888
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCANGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|426143|gb|D22000.1|D22000
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88729159|gb|CI752669.1|CI752669
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|157652426|gb|EX452060.1|EX452060
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88727454|gb|CI751109.1|CI751109
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88369245|gb|CI577708.1|CI577708
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|163923258|gb|EG709351.1|EG709351
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88730134|gb|CI753749.1|CI753749
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88359632|gb|CI622322.1|CI622322
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88692286|gb|CI735861.1|CI735861
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|33675102|gb|CF303341.1|CF303341
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88726421|gb|CI750076.1|CI750076
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88763161|gb|CI772717.1|CI772717
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88726688|gb|CI750343.1|CI750343
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88745079|gb|CI768439.1|CI768439
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88761536|gb|CI771092.1|CI771092
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|33691675|gb|CF319914.1|CF319914
EST:     TTTTGAATTGTGAGTACGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88356189|gb|CI627637.1|CI627637
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88717437|gb|CI740947.1|CI740947
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88728928|gb|CI752438.1|CI752438
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88357770|gb|CI625021.1|CI625021
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGAAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88427430|gb|CI571633.1|CI571633
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88730392|gb|CI754005.1|CI754005
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88732253|gb|CI757101.1|CI757101
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88720788|gb|CI744087.1|CI744087
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88741889|gb|CI764394.1|CI764394
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
EST: gi|88294360|gb|CI667334.1|CI667334
EST:     TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAG                         CGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
genomic: TTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 64 (upstream exon), 51 (downstream exon)
Score: 134

GTTTTGAATTGTGAGTATGCAGTGCGTGGAGAGATTGTGATCCATGCTCAGgtatcttgag ... ctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataattcaattacctgcttataatttgatatctatctgttttcttctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG
                      atttgat  putative branch site (score: 134)
                              tctatctgttttcttc  CT-rich tract
                 ttataatttgatatct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tccttgacttcccctgcagtagtaaactgtgctgttgtttttacaataattcaattacctgcttataatttgatatctatctgttttcttctgtttccagCGCCTGCAGCAACAGCTACAGACTCAACCAGGGTCTCTTCCTTTTGATGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - cctgcag
- - - - - - - - - - - - - - -tgctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctgctt