1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatgtatccaacttgactctatgccatgcctttctcatatctttctaatcccattactccatctgatgcttcatttttctattggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGGTGCTGCAGATTTCCTTGTTAAGCCAATACGGAAGAATGAATTAAGGAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g36220.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|33676452|gb|CF304691.1|CF304691
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|29670836|gb|CB667111.1|CB667111
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|33676098|gb|CF304337.1|CF304337
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|2428269|gb|C72732.1|C72732
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|58664572|gb|CK053258.1|CK053258
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|33678437|gb|CF306676.1|CF306676
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGCTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|29638275|gb|CB643284.1|CB643284
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|58689405|gb|CK078092.1|CK078092
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|29634410|gb|CB639419.1|CB639419
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|33675681|gb|CF303920.1|CF303920
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|218502279|gb|FG970191.1|FG970191
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|29625624|gb|CB630635.1|CB630635
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|29635476|gb|CB640485.1|CB640485
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGEST: gi|33676865|gb|CF305104.1|CF305104
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
EST: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAA TGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
genomic: GCTCTCCACGATCATGGAACATGACGCATGCAAGAATATCCCCGTCATAAgtatgtatcc ... ttggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGG
atatctttctaatcccattactccatctgatgcttcatttttctattggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGGTGCTGCAGATTTCCTTGTTAAGCCAATACGGAAGAATGAATTAAGGAA
cttcatttttctatt CT-rich tract
ttcatttttctatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtatccaacttgactctatgccatgcctttctcatatctttctaatcccattactccatctgatgcttcatttttctattggtctcagTGATGTCTTCAAATGATTCCGTTAGCATGGTTTTCAAATGCATGCTAAAGGGTGCTGCAGATTTCCTTGTTAAGCCAATACGGAAGAATGAATTAAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA