1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctgaaattaagaatgttcacacgttgtttgtggatcaatttattctgtctaatgagaatttatttatctgccaacttgctgcggattggctcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGAACAAGAACAAGAAGCTGGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g44450.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|58596330|gb|CK006858.1|CK006858
genomic: GGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|218501569|gb|FG968626.1|FG968626
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|29637359|gb|CB642368.1|CB642368
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|58604026|gb|CK014554.1|CK014554
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATNGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|58679944|gb|CK068631.1|CK068631
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|27554288|gb|CA998188.1|CA998188
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|38474392|gb|CF958524.1|CF958524
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATTTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|218492368|gb|FG946130.1|FG946130
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|218495789|gb|FG952983.1|FG952983
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|218502837|gb|FG950277.1|FG950277
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|38483017|gb|CF966819.1|CF966819
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|33811047|gb|CF331414.1|CF331414
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|58594107|gb|CF992415.1|CF992415
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|29687000|gb|CB683275.1|CB683275
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|58588784|gb|CF987092.1|CF987092
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAGGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|218497208|gb|FG946438.1|FG946438
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|86601353|gb|CI251727.1|CI251727
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|33823303|gb|CF337452.1|CF337452
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTAC-TGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|27577252|gb|CA999946.1|CA999946
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|58595844|gb|CK006372.1|CK006372
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|27554610|gb|CA998510.1|CA998510
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGEST: gi|58694951|gb|CK083638.1|CK083638
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAG GCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCCCAGCATGTCGAGGAGgtaagattat ... tcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATG
tgtctaatgagaatttatttatctgccaacttgctgcggattggctcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGAACAAGAACAAGAAGCTGGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
gtctaat putative branch site (score: 112)
aatgagaatttattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgaaattaagaatgttcacacgttgtttgtggatcaatttattctgtctaatgagaatttatttatctgccaacttgctgcggattggctcgtgtgcagGCTGAGAAGATTGGGCTTGACTACATGGATGTTGAGGCTCTTAAGAAAATGAACAAGAACAAGAAGCTGGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - -ttcacac
- - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgcg