1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tatacatacaaagagatattgtcctttgcattttaaatttctttatatgcttcaaatgttacttttggctcctgccttatttagatctaactgtatgcagGTTTCATCCTTCATGCATGAGCATGACGATTGAGCAGGCCAAAAAACTAGATCACTTTGTGTGCTCAGATTGTGTCAAGGAAAACGGTGCAAAGAGACCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g32620.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tatgcttcaaatgttacttttggctcctgccttatttagatctaactgtatgcagGTTTCATCCTTCATGCATGAGCATGACGATTGAGCAGGCCAAAAAACTAGATCACTTTGTGTGCTCAGATTGTGTCAAGGAAAACGGTGCAAAGAGACCT
atctaac putative branch site (score: 22)
ttatttagatctaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatacatacaaagagatattgtcctttgcattttaaatttctttatatgcttcaaatgttacttttggctcctgccttatttagatctaactgtatgcagGTTTCATCCTTCATGCATGAGCATGACGATTGAGCAGGCCAAAAAACTAGATCACTTTGTGTGCTCAGATTGTGTCAAGGAAAACGGTGCAAAGAGACCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - catacaa
- - - - - - - - - - - -ctttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttact