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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtatctaactcttatcagctctgcctagatgctgaaacaactgtaggatatgtattaatatcttgcagcaagccagcaaattcaaattcaaacccatgtttgaaattctttgctgctaatgactggatgtttctggtgctgtttcagGGACCTGGATCAAAATTACTTGTCAGGCCCCATACCATCATTCATAGGGCAATTGACTGCCTTGACAGAATT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g10320.3
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88403031|gb|CI568805.1|CI568805
EST:     TCGGTCAGATACCTGCCAGAATTACAGAACCTCACCTACCTAAATTACCT                         GGACCTGGATCAAAATTACTTGTCAGGCCCCATAC-ATCATTCATAGGGCA
genomic: TCGGTCAGATACCTGC-AGAATTACAGAACCTCACCTACCTAAATTACCTgtatggtatc ... gctgtttcagGGACCTGGATCAAAATTACTTGTCAGGCCCCATACCATCATTCATAGGGCA
EST: gi|29634896|gb|CB639905.1|CB639905
EST:     GTCGGTCAGATACCTGCCGAATTACAGAACCTCACCTACCTAAATTACCT                         GGACCTGGATCAAAATTACTT
genomic: GTCGGTCAGATACCTGCAGAATTACAGAACCTCACCTACCTAAATTACCTgtatggtatc ... gctgtttcagGGACCTGGATCAAAATTACTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccatgtttgaaattctttgctgctaatgactggatgtttctggtgctgtttcagGGACCTGGATCAAAATTACTTGTCAGGCCCCATACCATCATTCATAGGGCAATTGACTGCCTTGACAGAATT
                     tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                              ctgtttc  putative PPT
      tttgaaatt  TA-rich tract