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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcttgacttgtgcttctcttttcattgcgaaatctcagtgcatacttgtgatgttatctgatgaatgaataaccctgatttgtttttgttataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g03640.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g03640.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G179976_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
tgcttgacttgtgcttctcttttcattgcgaaatctcagtgcatacttgtgatgttatctgatgaatg-aataaccctgatttgtttttgttataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAG
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ttcatggtgtctagtgtcgtctctgttac-agatacggtatcagtgtcaagctagtgcccatcaagaacagtaatgccaattcttgtgttttttgccacagGTTGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCTGTTGATGTTGTCGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCCTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG

upper sequence: LOC_Os08g03640.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G066460_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
-tgcttgacttgtgcttctcttttcattgcgaaatctcagtgcatacttgtgatgttatctg--atgaatgaataaccctgatttgtttttgttataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAG
 || |||  |     |  | |||   || |  |  | |     ||  |   | | ||||     || ||| |||||     ||||| | |  || |   |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
atg-ttgtttatcattgttgtttctgttacacatacactaccaatg-tcaagctattattcattattaat-aataatgacaatttgatgtgtttttgctacagGTGGGGGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTGGTTGCTCCAGTTGATGTTGTTGTGCCCCCTGGCAACACTGGGCTGGATCCGTCCCAGACCTCTTTCTTCCAG

upper sequence: LOC_Os08g03640.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: EFJ38349 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 2
tgcttgacttgtgcttctcttttcattgcgaaatctcagtgcatacttgtgatgttatctgatgaatgaataaccctgatttgtttttgttataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAG
                                        | ||  |  |  |||| ||   |   |||||   | ||| |  | |||| |      ||||| ||||| || |||||||| || ||||| || ||  |||| |||    |||| ||||| | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
----------------------------------------gtatgatctt--tgttttc--gtctttgaatcggcttgaat-atatttgctc-----cagGTCGGAGCGCCAGCTCGTGTCGGGCTTGTAGCACCGATTGACGTGACTATTCCTCCTGGAAGCACTGGTCTTGATCCATCGCAGACATCTTTCTTCCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33665851|gb|CF296818.1|CF296818
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGA
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGA
EST: gi|163928587|gb|EG710884.1|EG710884
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCT
EST: gi|88400160|gb|CI590850.1|CI590850
EST:     CACCAAGGGTGACCCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGT
genomic: CACCAAGGGTGACC-TCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGT
EST: gi|33655147|gb|CF277761.1|CF277761
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|218496943|gb|FG970430.1|FG970430
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|218488187|gb|FG959861.1|FG959861
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33661354|gb|CF292321.1|CF292321
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGGTGGT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGG-TGGT
EST: gi|88372034|gb|CI609942.1|CI609942
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         ATTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGG
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGG
EST: gi|13896878|gb|AU183214.1|AU183214
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCT
EST: gi|33798399|gb|CF325057.1|CF325057
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATG
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATG
EST: gi|88428421|gb|CI564889.1|CI564889
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCACGTACAAG                         GTTGGAGCTCCT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCT
EST: gi|218491833|gb|FG961348.1|FG961348
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|58599651|gb|CK010179.1|CK010179
EST:     GCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: GCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|88298513|gb|CI563508.1|CI563508
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|27554033|gb|CA997933.1|CA997933
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTG
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTG
EST: gi|33795061|gb|CF323406.1|CF323406
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGGTGGT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGG-TGGT
EST: gi|701413|gb|D47704.1|D47704
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|88730521|gb|CI754134.1|CI754134
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|300215839|gb|HO088465.1|HO088465
EST:     GGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: GGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|4968930|gb|AU065834.1|AU065834
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTNTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33663246|gb|CF294213.1|CF294213
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTT
EST: gi|88393051|gb|CI614933.1|CI614933
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCT
EST: gi|55414683|gb|CV727059.1|CV727059
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTG
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTG
EST: gi|14191654|gb|AU183865.1|AU183865
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTT
EST: gi|218485197|gb|FG970285.1|FG970285
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33795385|gb|CF323563.1|CF323563
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33692345|gb|CF320584.1|CF320584
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33663396|gb|CF294363.1|CF294363
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGGGGGT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|300216164|gb|HO087949.1|HO087949
EST:     GGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: GGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33806783|gb|CF329273.1|CF329273
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTG
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTG
EST: gi|218499637|gb|FG959034.1|FG959034
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTAGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33684907|gb|CF313146.1|CF313146
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGT
EST: gi|33690565|gb|CF318804.1|CF318804
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGGTGGT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGG-TGGT
EST: gi|29680796|gb|CB677071.1|CB677071
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|33691555|gb|CF319794.1|CF319794
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTC-TGTTGA
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGA
EST: gi|29658963|gb|CB655238.1|CB655238
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|2442363|gb|C74134.1|C74134
EST:     CAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: CAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
EST: gi|27576532|gb|CA999226.1|CA999226
EST:     TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAG                         GTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT
genomic: TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 477

GGAAACGTTGGCCTCATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAGGTCCGCGAGGAGGTTGCCAAGTACAAGgtataactgg ... tataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgtgatgttatctgatgaatgaataaccctgatttgtttttgttataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAG
                                      tttttgtt  CT-rich tract
                               tgatttgtttttgtta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgcttgacttgtgcttctcttttcattgcgaaatctcagtgcatacttgtgatgttatctgatgaatgaataaccctgatttgtttttgttataaaacagGTTGGAGCTCCTGCTCGTGTTGGTCTTGTTGCTCCTGTTGATGTGGTGGTTCCCCCTGGCAACACTGGTCTGGATCCATCCCAGACCTCTTTCTTCCAG

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