Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtaatgtgttatgtgtgtgtgattcggtgattgtgttttctcgttgttgtggtttgtggtgtttctttctcttttgatgcttgatggttgttgtttggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCGATCTCTTGGTCAAGAATTTTCCCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g46280.3
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g46280.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G148176_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtgtgtaatgtgttatgtgtgtgtgattcggtgattgtgttttctcgttgttgtggtttgtggtgtttctttctcttttgatgcttgatggttgttgtttggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCGATCTCTTGGTCAAGAATTTTCCCAA
                    ||||| |||  ||| ||  ||   |  || ||||  || |  |    |  || | |  ||| || ||| || |||| || | ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||| 
--------------------gtgtg-ttctctgaatgcattgggttcttcttgtttttgggtgctccttgttgtttcgtgacgcctgacggatgttcttcgagga-acagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTACCGATTTTCGATCTCTTGGTCGAGGATTTTCCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88827210|gb|CI777775.1|CI777775
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAG
EST: gi|88719088|gb|CI742598.1|CI742598
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGC
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGC
EST: gi|29642035|gb|CB647042.1|CB647042
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
EST: gi|88349963|gb|CI634498.1|CI634498
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTCCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
EST: gi|29664412|gb|CB660687.1|CB660687
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
EST: gi|88722865|gb|CI746375.1|CI746375
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATG
EST: gi|33653413|gb|CF276027.1|CF276027
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATANGATTTTC
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATA-GATTTTC
EST: gi|88397812|gb|CI583130.1|CI583130
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
EST: gi|88354186|gb|CI637752.1|CI637752
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATA
genomic: -TAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATA
EST: gi|88330839|gb|CI636851.1|CI636851
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
EST: gi|58673231|gb|CK061917.1|CK061917
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
EST: gi|88349609|gb|CI632744.1|CI632744
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAACAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTCCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
EST: gi|88694088|gb|CI738126.1|CI738126
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAAT
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAAT
EST: gi|44664928|gb|CR278362.1|CR278362
EST:     CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAG                         GAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG
genomic: CTAATAATGCCACAGCCGATGTGACGGTTGATGAGTATCATAGGTACAAGgtgtgtaatg ... ggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttgtggtgtttctttctcttttgatgcttgatggttgttgtttggggttgtagGAAGATGTGAACATAATGAAGAACATGGGCTTTGATGCGTATAGATTTTCGATCTCTTGGTCAAGAATTTTCCCAA
          tttcttt  TA-rich tract