Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g41750.3
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
aaatagcttg--tactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
 ||| | | |  ||   ||     | | ||| |   |    | |||||| || |    ||| | |  |||| | | |||||| |  ||  |||  ||  |||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
-aattgttaggatatccttgtcagtatgctccatttgttcaccttgtttttcctctgctatgtagtcttttattt-actaaactgttttgttcgattttcagGGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-------aaat-agcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
       || | | | | |||| ||     | | | |  |  ||| |  |    | | | | ||   ||||  |||  | ||  |||| ||  ||||||       ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
aactagtaattgaacatatactattgttcttttcccccccttgcacgaatgtgatttttctgtg-ggtttgtgtttactttgtgtaaacttcctgtttc-------agGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
----------aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
           || |  |  || ||||     |   | ||     |     || ||| ||| |  ||   |||  |||  | ||  |||| ||  ||||||       ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
actagtaattgaacaaatactattgttcttttttccccctttgcacgaatgttatttttctgtgggt---ttgtgtttactttgtgtaaactttctgtttc-------agGGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttc--tctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
   || |      | || | |   || | | |     | | |   | |  |  || |||   ||  |  |    |  |  | | |     ||  | |  |||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||
--ctaaccctctgtattgatgtccttttttccccctttccatgaatgcaattcttgtgtgggtttgtagtgacattgcagactgttgaactttctgtttcagGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT3G53870.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
-aaatagcttgtactg-tttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctt-tatgtattttgatttttgtctgac-taaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG---------------------------------------------
  ||| | |  ||  |  |  | ||| | ||   ||  | |  |||| |  ||| || || |  ||| |||    |  | |  | | ||| | | || |   ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| || |||                                             
gtaattgttcttatagactctgtatggtttc---aaataggtattgtctagcttctaagtgtaatgactttaagttctcatgcaatggttatatgttgtat-agGGCTTGCTATGGTGTGTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGCGAGGTTATCGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCTGCCAGAGCCAAGTCTATG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G31610.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatt----tgttgtttcttttgc-cagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG---------------------------------------------
 || |   || |   |  |  ||||  || |||||  |   |||  ||||||| |  | ||  | || |        | |||    || | | | |  |   |||||| || ||||||||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||                                             
-aacacactg-atgatacataatgtg-tcgacaaggcta--ttgcatctcttttttcacttgaacttctcatccttaatattgcaatggtatatttgatatacagGGCCTGTTATGGTGTTTTGAGATTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAGGGATGTGAGGTCATCGTGAGTGGAAAGCTCCGTGCTGCACGTGCTAAGTCCATG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
--aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaa-atttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
  |  |  |||  |   |||    |||||||   ||  |||  || | |   || || | || || |     | | | ||     || | |||  ||    |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| || || || 
ttatgttactttaa--atttgaactgttctcc-taaatatggcttttatgctttgatctcttatgctcagaatgttaatattgcatgatattttgttgtatagGGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAA

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttt--tgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
|      | | | |  ||   | |||  | |  ||  |  ||| ||||||||| || | | || ||||  |   ||        |  || ||||  |   ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || ||||||
atgcccatagaagtactttttaggttagcaattagatt--tttttttctctttttgaaatatggttttaatacttggaactgcattctgattctgattttagGGCTTGCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgct---ttgtttctctttatgtattttg--atttttgtctgactaaatt-tgttgtttcttttgc---cagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
                                                     || | |||| | |  | | | |||     ||     |  ||  | |  || |  | |   || ||||  | |  ||||| |||| |   |  ||    |||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||
gttcgatgccaggacacctctttcatcttctaattcccgtagcggtggcgctgtgcaatgttcacg-cgatttttacttttttgtccaataattattttcgatttcctctagtatgtttggttaatgaaattctgttttgggtggtggttacagGGCGTGCTACGGAGTGCTGAGGTTTATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGCTGTGAG

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 3
-----------------------aaata-gcttgtactgtt-taggatgttctct-acaagcatgctttgtttctctttatgtatttt----gatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgcc------agGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
                       || || ||  ||    |  |  | ||  || | |   | ||      |  |   ||| ||| ||      ||   ||    |  |  |||  | |||  | || |      ||||||||||| || ||| | |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||
gtgcgatgggttgccattcgtgtaattatgcccgtgtattcatcagttgcactttgatttgaatctagcttcccatgttaagtacttatcagaatcgatggtgtatgacgttttcttttttgtatgacgggtacagGGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTGTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86824581|gb|CI264913.1|CI264913
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88983289|gb|CI028526.1|CI028526
EST:     GCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: GCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88995801|gb|CI037144.1|CI037144
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|86823017|gb|CI253952.1|CI253952
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88962995|gb|CI025481.1|CI025481
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88206670|gb|CI206519.1|CI206519
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88209932|gb|CI209781.1|CI209781
EST:     CAAGCTCCTCGGTGTCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|2280569|gb|C25064.1|C25064
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88216681|gb|CI214781.1|CI214781
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|33661397|gb|CF292364.1|CF292364
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|86416691|gb|CI030702.1|CI030702
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88982856|gb|CI028269.1|CI028269
EST:     GCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: GCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|15851726|gb|BI800002.1|BI800002
EST:     CAAGCTCCTCGGT-GCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88209026|gb|CI208875.1|CI208875
EST:     TCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: TCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|86416739|gb|CI030750.1|CI030750
EST:     CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CAAGCTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
EST: gi|88242074|gb|CI241923.1|CI241923
EST:     CTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAG                         GGCGTGCTATGTTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG
genomic: CTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 66 (upstream exon), 64 (downstream exon)
Score: 107

CTCCTCGGTGGCCTCGCCGTCAGAAGgttgtgctcc ... cttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG
                            gactaaa  putative branch site (score: 107)
                                   tttgttgtttctttt  CT-rich tract
     tttatgtattttgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaatagcttgtactgtttaggatgttctctacaagcatgctttgtttctctttatgtattttgatttttgtctgactaaatttgttgtttcttttgccagGGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA