1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...cagaaaactgtcaacctgcacaaaattcccttcctgccttcctggttcacaggacttgtgattagttgctgagataatgttaaaaatccattttctccagGCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCCGGATGGAAACTCGGATGGGTGTGGGCAAAGAAGGAGATAATCTGGGCGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g41310.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTT GCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCCEST: gi|88332842|gb|CI660360.1|CI660360
genomic: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTTgtgagtaaac ... ttttctccagGCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCC
EST: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTT GCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCCEST: gi|88570336|gb|CI661511.1|CI661511
genomic: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTTgtgagtaaac ... ttttctccagGCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCC
EST: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTT GCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCCEST: gi|88309029|gb|CI654648.1|CI654648
genomic: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTTgtgagtaaac ... ttttctccagGCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCC
EST: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTT GCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCC
genomic: ACATAACAATCAAGTGGGATGTGCTGCAATGGACTCCAGATGGATATGTTgtgagtaaac ... ttttctccagGCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCC
ttcacaggacttgtgattagttgctgagataatgttaaaaatccattttctccagGCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCCGGATGGAAACTCGGATGGGTGTGGGCAAAGAAGGAGATAATCTGGGCGA
tccattttctcc CT-rich tract
ataatgttaaaaatcc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cagaaaactgtcaacctgcacaaaattcccttcctgccttcctggttcacaggacttgtgattagttgctgagataatgttaaaaatccattttctccagGCTGTTGTTTCACTATACAACTATCAGCAGTATCGACACATTCAATCACCCGGATGGAAACTCGGATGGGTGTGGGCAAAGAAGGAGATAATCTGGGCGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
cagaaaa
- - - - - - -acctgca
- - - - - - - - - - - - - - - -tcctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgctg