1 5' 3' | 2 5' 3' |
...ttcttgggccatgcgtatggcgcatggctctgctttgctttgcttttttggattgaactggttggtgcatggagctcagaacgattcccgtgtgtctcagGTGGGCGCAGATCGCCAAGCACCTGCCAGGGCGCACGGACAACGAGGTGAAGAATTTCTGGAACTCGTGCATCAAGAAGAAGCTCATCGCGCAGGGGCTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g31470.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttttggattgaactggttggtgcatggagctcagaacgattcccgtgtgtctcagGTGGGCGCAGATCGCCAAGCACCTGCCAGGGCGCACGGACAACGAGGTGAAGAATTTCTGGAACTCGTGCATCAAGAAGAAGCTCATCGCGCAGGGGCTC
ttcccgt CT-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcttgggccatgcgtatggcgcatggctctgctttgctttgcttttttggattgaactggttggtgcatggagctcagaacgattcccgtgtgtctcagGTGGGCGCAGATCGCCAAGCACCTGCCAGGGCGCACGGACAACGAGGTGAAGAATTTCTGGAACTCGTGCATCAAGAAGAAGCTCATCGCGCAGGGGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - -gccatgc
- - - - - - - - - - -gcatggc
- - - - - - - - - - - - - - -ctgcttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatgg