1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaaatcttgtcaccatattaacttgtgacttgagctgaaattatcctggtgtgcagaggttcctaatccatttttgaacttttcaatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGCTAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGTCAAGCTGGTGGACTCACATTCTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g51029.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|58593271|gb|CF991579.1|CF991579
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCGTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|313083957|gb|HO213740.1|HO213740
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAGGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|313079776|gb|HO213215.1|HO213215
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|2801137|gb|AA754431.1|AA754431
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|38470925|gb|CF955056.1|CF955056
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCEST: gi|38470079|gb|CF954210.1|CF954210
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCC
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|38477014|gb|CF961147.1|CF961147
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAAAAGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGGGGEST: gi|8956537|gb|BE230452.1|BE230452
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|38481226|gb|CF965315.1|CF965315
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGEST: gi|8956776|gb|BE230579.1|BE230579
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
EST: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATG AGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
genomic: GAAAAATGCTGTTGTTTCAGAAGAGAAGAGGAGACTTGTGGCTTACCATGgtaaatcttg ... caatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTG
aattatcctggtgtgcagaggttcctaatccatttttgaacttttcaatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGCTAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGTCAAGCTGGTGGACTCACATTCTT
tcctaat putative branch site (score: 69)
cttttc putative PPT
atttttgaactttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatcttgtcaccatattaacttgtgacttgagctgaaattatcctggtgtgcagaggttcctaatccatttttgaacttttcaatttgcagAGGCTGGTCATGCCCTTGTTGGTGCCCTCATGCCTGAATATGACCCTGTTGCTAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGTCAAGCTGGTGGACTCACATTCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA