Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtgattaaatccactgacatgaatggtgaacacacacaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g49110.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g49110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA04G42670.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
--------------gtgtgtgattaaatccactgacatgaatggtgaacacac-acaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG
               |   |  ||    | |||    || ||  |   | |   |  ||| |||||||    ||        ||  ||    |  |||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||| | || |||
ggggtatactaattttcatttgttggcactactaggttgtataatatgctcttgattatttgattttggatcatgagaacatttgagtttgaacttgcagGTGAAGAGGATACTCCAATTGGGGCTATGCCTGGATGCTACAGGCTTGGGTGGAGGCATGGACTTGTAGAAGAG

upper sequence: LOC_Os06g49110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA06G12110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-------------gtgtgtgattaaat-ccactgacatgaatggtgaacacac-acaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG
              |   |   ||  | | |||    || || ||   | |   |  ||| |||||||    ||        ||  ||    |  | |||| ||||| ||| |||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||| | || |||
ggggcatactaattttcatttgtaggtactactaggttgtatagtatgctcttgattatttgattttggattatgagaacatttgagtttgaacttacagGTGAAGAGGATACTCCAATCGGGGCTATGCCTGGATGCTACAGGCTTGGGTGGAGGCATGGACTTGTAGAAGAG

upper sequence: LOC_Os06g49110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv18s0001g02550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
-------------------------------------------------gtgtgtgattaaatc-cactgacatgaatg-gtgaacacacacaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG
                                                  | | |   |   || | ||| ||||   |  ||  |||||| |     |     |||  |    ||| |||| ||| ||  |||||| ||||| ||  | ||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||
gttggtattaatgttttttgaggaaattccaaagaattaattttactctctctctctctctctctctctggcatgcgcgcatgcgcacacatacacgcacacatatatttctgtctcattttatga-gacttgcagGTGAAGAGGACACCCCTATTGGAGCCATGCCTGGATGTTATAGGCTAGGATGGAGACATGGACTTCTGGAGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58606899|gb|CK034932.1|CK034932
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29681115|gb|CB677390.1|CB677390
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29644874|gb|CB649881.1|CB649881
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29616370|gb|CB621382.1|CB621382
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29619108|gb|CB624120.1|CB624120
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29613357|gb|CB618370.1|CB618370
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|58605499|gb|CK033532.1|CK033532
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29666981|gb|CB663256.1|CB663256
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29660427|gb|CB656702.1|CB656702
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29617546|gb|CB622558.1|CB622558
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29621569|gb|CB626580.1|CB626580
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29673911|gb|CB670186.1|CB670186
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29641824|gb|CB646831.1|CB646831
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29687455|gb|CB683730.1|CB683730
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29672090|gb|CB668365.1|CB668365
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29661434|gb|CB657709.1|CB657709
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29645158|gb|CB650165.1|CB650165
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29641133|gb|CB646140.1|CB646140
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29679002|gb|CB675277.1|CB675277
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29619411|gb|CB624423.1|CB624423
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29667711|gb|CB663986.1|CB663986
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29615586|gb|CB620598.1|CB620598
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29637162|gb|CB642171.1|CB642171
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29624060|gb|CB629071.1|CB629071
EST:     CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29682583|gb|CB678858.1|CB678858
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29619315|gb|CB624327.1|CB624327
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|58612032|gb|CK039744.1|CK039744
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29643724|gb|CB648731.1|CB648731
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29655802|gb|CB652077.1|CB652077
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29637541|gb|CB642550.1|CB642550
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29681299|gb|CB677574.1|CB677574
EST:     GACCACCATCTCACCTTCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAA                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29688148|gb|CB684423.1|CB684423
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: gi|29660273|gb|CB656548.1|CB656548
EST:     GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG                         GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaacacacacaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG
                  ttttgat  putative branch site (score: 4)
           aattagattttgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgtgattaaatccactgacatgaatggtgaacacacacaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTGGAGGCATGGGCTTCTTGATGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG