1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaaggctattacttttctaattgctctagtttcaacacaagatgatgctgcttgtagggctagggagcagtggagctttgccacttactatgcaaaactgtttgttcattagctatagtttaactttttcaactcttgtagTTCAAGATGAGGAGGGATGAGACCTGCAAGGTTGTTTGTCGATCAAAGCTTTCTCCAGAAGCTGCAAAGAATTTCAAAGAAAAGATTGACGATGAGTATC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g37160.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTAGGGGAAGTCCTTCGTGGGGATCTGCATTGAAAACTCTGTCTATAAT TTCAAGATGAGGAGGGATGAGACCTGCAAGGTTGTTTGTCGATCAAAGCTTEST: gi|58670643|gb|CK059329.1|CK059329
genomic: CTTAGGGGAAGTCCTTCGTGGGGATC-GCATTGAAAACTCTGTCTATAATgtaaggctat ... actcttgtagTTCAAGATGAGGAGGGATGAGACCTGCAAGGTTGTTTGTCGATCAAAGCTT
EST: ACTTAGGGGAAGTCCTTCGTGGGGATCGCATTGAAAACTCTGTCTATAAT TTCAAGATGAGGAGGGATGAGACCTGCAAGGTTGTTTGTCGATCAAAGCTT
genomic: ACTTAGGGGAAGTCCTTCGTGGGGATCGCATTGAAAACTCTGTCTATAATgtaaggctat ... actcttgtagTTCAAGATGAGGAGGGATGAGACCTGCAAGGTTGTTTGTCGATCAAAGCTT
actatgcaaaactgtttgttcattagctatagtttaactttttcaactcttgtagTTCAAGATGAGGAGGGATGAGACCTGCAAGGTTGTTTGTCGATCAAAGCTTTCTCCAGAAGCTGCAAAGAATTTCAAAGAAAAGATTGACGATGAGTATC
ctttttcaactctt CT-rich tract
tatagtttaacttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaggctattacttttctaattgctctagtttcaacacaagatgatgctgcttgtagggctagggagcagtggagctttgccacttactatgcaaaactgtttgttcattagctatagtttaactttttcaactcttgtagTTCAAGATGAGGAGGGATGAGACCTGCAAGGTTGTTTGTCGATCAAAGCTTTCTCCAGAAGCTGCAAAGAATTTCAAAGAAAAGATTGACGATGAGTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA