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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggttcttgattctgatctccgcatggcatggcctgcgccgccatggacgaactgaactgaactgaatcacgcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCGCAGGAGTGGGCGGCGGAGCCCGGCGGCCAGGCCACGTACCTCGGCAACC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g21590.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29683490|gb|CB679765.1|CB679765
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29667355|gb|CB663630.1|CB663630
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29683288|gb|CB679563.1|CB679563
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|58687858|gb|CK076545.1|CK076545
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29670238|gb|CB666513.1|CB666513
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|700252|gb|D46543.1|D46543
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTN                         CCTNGGGTGTTGGTGCCGGAGGC
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGC
EST: gi|55410170|gb|CV722546.1|CV722546
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29646648|gb|CB651655.1|CB651655
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29685149|gb|CB681424.1|CB681424
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|58612527|gb|CK040239.1|CK040239
EST:     CGGTGGG-CATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: CGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29662970|gb|CB659245.1|CB659245
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|58690241|gb|CK078928.1|CK078928
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGTGC
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAG-GC
EST: gi|29683693|gb|CB679968.1|CB679968
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGATGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCATGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|58690462|gb|CK079149.1|CK079149
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
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EST: gi|29684870|gb|CB681145.1|CB681145
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
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EST: gi|58610560|gb|CK038272.1|CK038272
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|38468852|gb|CF952983.1|CF952983
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29686943|gb|CB683218.1|CB683218
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29683648|gb|CB679923.1|CB679923
EST:     GGTTCAAGGAGTCCGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29646647|gb|CB651654.1|CB651654
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29666764|gb|CB663039.1|CB663039
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
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EST: gi|29676577|gb|CB672852.1|CB672852
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29669506|gb|CB665781.1|CB665781
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29658625|gb|CB654900.1|CB654900
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29667899|gb|CB664174.1|CB664174
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|58588919|gb|CF987227.1|CF987227
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29687452|gb|CB683727.1|CB683727
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
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EST: gi|29684048|gb|CB680323.1|CB680323
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29660262|gb|CB656537.1|CB656537
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EST: gi|58693846|gb|CK082533.1|CK082533
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EST: gi|29663893|gb|CB660168.1|CB660168
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EST: gi|58612746|gb|CK040458.1|CK040458
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genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29664419|gb|CB660694.1|CB660694
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29684047|gb|CB680322.1|CB680322
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGACGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29661843|gb|CB658118.1|CB658118
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
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EST: gi|29682596|gb|CB678871.1|CB678871
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genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|38472413|gb|CF956544.1|CF956544
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|88324073|gb|CI563684.1|CI563684
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|58590566|gb|CF988874.1|CF988874
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29683622|gb|CB679897.1|CB679897
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29683308|gb|CB679583.1|CB679583
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29666765|gb|CB663040.1|CB663040
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29616832|gb|CB621844.1|CB621844
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
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EST: gi|58610288|gb|CK038138.1|CK038138
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29689638|gb|CB685913.1|CB685913
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genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29669505|gb|CB665780.1|CB665780
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|29683338|gb|CB679613.1|CB679613
EST:     GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTG                         CCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
genomic: GGTTCAAGGAGTCGGAGGTGTACCACTGCCGGTGGGCCATGCTCGCTGTGgtatggttct ... gcttgtgcagCCTGGGGTGTTGGTGCCGGAGGCGCTGGGGCTGGGCAACTGGGTGCAGGCG
EST: gi|58696253|gb|CK084940.1|CK084940
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