1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aaattcatccacactgaacttctaggtttcatttattaatttctgttgatgctagcacatgtctttgctgttcatgatgaacattccatctgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTATGTACTGTTCCGAGAGTATGAGATAATTACAACGATGAGATTGCGGTTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g51630.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTAEST: gi|29683379|gb|CB679654.1|CB679654
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTAEST: gi|29666785|gb|CB663060.1|CB663060
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTAEST: gi|58693629|gb|CK082316.1|CK082316
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTAEST: gi|33675058|gb|CF303297.1|CF303297
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG GGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCT
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagG-TTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCT
ttgatgctagcacatgtctttgctgttcatgatgaacattccatctgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTATGTACTGTTCCGAGAGTATGAGATAATTACAACGATGAGATTGCGGTTT
tgttgat putative branch site (score: 12)
ttccatct putative PPT
tgtttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaattcatccacactgaacttctaggtttcatttattaatttctgttgatgctagcacatgtctttgctgttcatgatgaacattccatctgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTATGTACTGTTCCGAGAGTATGAGATAATTACAACGATGAGATTGCGGTTT
- - -catccac
- - - - - - - - - - - - - tttcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcacatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acattcc