1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gactaactatgtgctgtgtacatttgaagcaacatgcttatatcatgctccttagatctgtcatgtatggtaaagagaatctaatgcttttgctttgcagATTTTTGAAGAGTAATAACAGTACAGAGACAGTAGAGCCACCATCAGCACCAATTGAAGAGGAAGAACCTTTGCCCGAGGAACTAGTACTCCTAGAAAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g40260.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCGGCAACTTGGTCCTTGAAGGCTGGTCTGTGGGACTCCCTTAGATCCGG ATTTTTGAAGAGTAATAACAGTACAGAGACAGTAGAGCCACCATCAGCACC
genomic: GCGGCAACTTGGTCCTTGAAGGCTGGTCTGTGGGACTCCCTTAGATCCGGgtaaaataca ... tgctttgcagATTTTTGAAGAGTAATAACAGTACAGAGACAGTAGAGCCACCATCAGCACC
tgctccttagatctgtcatgtatggtaaagagaatctaatgcttttgctttgcagATTTTTGAAGAGTAATAACAGTACAGAGACAGTAGAGCCACCATCAGCACCAATTGAAGAGGAAGAACCTTTGCCCGAGGAACTAGTACTCCTAGAAAGG
atctaat putative branch site (score: 21)
cttttgcttt CT-rich tract
aatctaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gactaactatgtgctgtgtacatttgaagcaacatgcttatatcatgctccttagatctgtcatgtatggtaaagagaatctaatgcttttgctttgcagATTTTTGAAGAGTAATAACAGTACAGAGACAGTAGAGCCACCATCAGCACCAATTGAAGAGGAAGAACCTTTGCCCGAGGAACTAGTACTCCTAGAAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - gtgctgt
- - - - - - - - - -acatttg
- - - - - - - - - - - - - - - aacatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctaatgc