Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taacaataataaacacgagttttatgtcagcatattatggatactctgattatcttgtatatgtgtgtcatgatttccccccaaaatgtttcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCTGGGTGGCAGCTGGGGTGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTCATTTGGTCGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g32110.4
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g32110.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM5G826714_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--ta-acaataataaacacgagttttatgtcagcatattatgg-atactctgattatcttgtatatgtgtgtcatgatttccccccaaaatgtttcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCTGGGTGGCAGCTGGGGTGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTCATTTGGTCGA
  || |  | |   |||| ||   | ||  |   || |||||  | |    |  |    || |||  ||  || |||||||||   |||||   || |  ||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||   |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
catacatcacagacaacaagaacatcatccccaaat-ttatgtcagaagaagcatgctatgcatacatggttcctgatttcccat-aaaatacctcct--gcagGCTGTTGTCACAATGTTTAATTATCAACAATTTCGGCATATCGGCGCACCTGGTTGGCAGCTTGGGTGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTTATATGGTCAA

upper sequence: LOC_Os05g32110.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G009154_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
-taacaataataaacacgagttttatgtcagcatattatggatactctgattatcttgta--tatgtgtgtcatgatttccccccaaaatgtttcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCTGGGTGGCAGCTGGGGTGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTCATTTGGTCGA
  ||||   || | |   |     |   |     |  ||  ||      |  ||  | |   ||  ||  || |||||||||   |||||   || |  ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |
gaaacatatatcaccgataacaagaacaccatccaaaatttatgtcagaagcatgctatggttacatggttcctgatttcccat-aaaatacctcct--gcagGTTGTTGTCACAATGTTCAATTATCAACAATTTCGGCACATCGGGGCACCTGGATGGCAGCTTGGGTGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTTATATGGTCAA

upper sequence: LOC_Os05g32110.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G071970_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
--------taacaataataaacacgagttttatgtcagcatattatggatactctgattatcttgtatatgtgtgtcatgatttccccccaaaatgtttcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCTGGGTGGCAGCTGGGGTGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTCATTTGGTCGA
         | || | |||| || ||   | ||  ||  || |||||  |     |  |    || |||  ||  || ||||||||   || ||  |  ||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |
gaaacatacatcactgataa-caagaacatcat-ccaaaat-ttatg--tcagaagcatgctatgcatacatggttcctgatttcc---cataaaatacctgctgcagGCTGTTGTCACAATGTTCAATTATCAACAATTTCGGCACATCGGGGCACCTGGATGGCAGCTTGGGTGGACATGGGCAAAAAAGGAGGTTATATGGTCAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88397002|gb|CI578151.1|CI578151
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGGTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCA
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCA
EST: gi|58608092|gb|CK036125.1|CK036125
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTGGGGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|58611435|gb|CK039147.1|CK039147
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88372607|gb|CI610930.1|CI610930
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCC
EST: gi|88415064|gb|CI583887.1|CI583887
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88402765|gb|CI613213.1|CI613213
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88426252|gb|CI574135.1|CI574135
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|87024030|gb|CI291683.1|CI291683
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACC
EST: gi|29657169|gb|CB653444.1|CB653444
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88575160|gb|CI669305.1|CI669305
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88392225|gb|CI684067.1|CI684067
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88410911|gb|CI578717.1|CI578717
EST:     AAATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGGTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAAATATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88736984|gb|CI760492.1|CI760492
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCG
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCG
EST: gi|88694665|gb|CI738703.1|CI738703
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCANGATGTTC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTC
EST: gi|14191720|gb|AU183931.1|AU183931
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATNCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88351459|gb|CI627475.1|CI627475
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATTGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATTTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCAACC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA-CC
EST: gi|88355949|gb|CI653359.1|CI653359
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88336236|gb|CI647430.1|CI647430
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACC-
EST: gi|88719340|gb|CI742850.1|CI742850
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTNACGATGT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGT
EST: gi|87022718|gb|CI293608.1|CI293608
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTAT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTAT
EST: gi|88423059|gb|CI613360.1|CI613360
EST:     ACATCAAGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCGTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTT-AACTATCAACAATTCCGG
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGG
EST: gi|88827556|gb|CI778121.1|CI778121
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACCTATCAACAATTCCGGCACATC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAAC-TATCAACAATTCCGGCACATC
EST: gi|8858864|gb|AU096182.1|AU096182
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88392831|gb|CI624062.1|CI624062
EST:     CATCACGACTAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
genomic: CATCACGA-TAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
EST: gi|58668642|gb|CK057328.1|CK057328
EST:     GGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGAT-GCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: GGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88366460|gb|CI610679.1|CI610679
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
EST: gi|88406108|gb|CI593888.1|CI593888
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCC
EST: gi|572091|gb|D41602.1|D41602
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATNTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGG
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGG
EST: gi|44675812|gb|CR289246.1|CR289246
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|58671396|gb|CK060082.1|CK060082
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88409937|gb|CI571194.1|CI571194
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|58604910|gb|CK032943.1|CK032943
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|313080016|gb|HO213336.1|HO213336
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|58669230|gb|CK057916.1|CK057916
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88363203|gb|CI608146.1|CI608146
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|58604988|gb|CK033021.1|CK033021
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88575186|gb|CI669331.1|CI669331
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88418038|gb|CI596715.1|CI596715
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCC
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCC
EST: gi|58669183|gb|CK057869.1|CK057869
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|58675359|gb|CK064046.1|CK064046
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88339505|gb|CI635483.1|CI635483
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAG
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAG
EST: gi|88573705|gb|CI665474.1|CI665474
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88294411|gb|CI667385.1|CI667385
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
EST: gi|58609882|gb|CK037915.1|CK037915
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88740635|gb|CI764143.1|CI764143
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCA
EST: gi|58668528|gb|CK057214.1|CK057214
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88305020|gb|CI580120.1|CI580120
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
EST: gi|88426624|gb|CI579453.1|CI579453
EST:     ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTT                         GCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT
genomic: ACATCACGATAAAATGGGACGTTATGTCGTGGACTCCTGATGGCTATGTTgtaagtagca ... tcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgattatcttgtatatgtgtgtcatgatttccccccaaaatgtttcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCTGGGTGGCAGCTGGGGTGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTCATTTGGTCGA
 ctctgat  putative branch site (score: 4)
                                         tgtttctt  putative PPT
                                     aaaatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taacaataataaacacgagttttatgtcagcatattatggatactctgattatcttgtatatgtgtgtcatgatttccccccaaaatgtttcttgtgcagGCTGTGGTCACGATGTTCAACTATCAACAATTCCGGCACATCCAGGCACCTGGGTGGCAGCTGGGGTGGACATGGGCAAAGAAGGAGGTCATTTGGTCGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG