Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtcttccaaaaccataattgatatttagcggttcatcatggctgttcaatttaccacatatattgatttgtgatgtttcttttatttatgttcatttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTTCATGTCATAACAAGCAAAGAGGACTGGGATAGGAAGATTGAAGAAGCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g07690.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58596706|gb|CK007234.1|CK007234
EST:     TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAG                         GGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
genomic: TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAGgtgagtcttc ... atttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
EST: gi|89199020|gb|CI253094.1|CI253094
EST:     AGGTTGTGTGGGCCAAG                         GGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGT
genomic: AGGTTGTGTGGG-CAAGgtgagtcttc ... atttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGT
EST: gi|58683882|gb|CK072569.1|CK072569
EST:     TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAG                         GGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
genomic: TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAGgtgagtcttc ... atttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
EST: gi|86596652|gb|CI286565.1|CI286565
EST:     TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAG                         GGACGACGACATATCGACGAAGACAAGCTTGATTTCAACAGGTGGAAATGT
genomic: TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAGgtgagtcttc ... atttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAA-AGGTGGAAATGT
EST: gi|88321921|gb|CI673069.1|CI673069
EST:     GGTTGTGTGGGCAAG                         GGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
genomic: GGTTGTGTGGGCAAGgtgagtcttc ... atttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
EST: gi|38480845|gb|CF964934.1|CF964934
EST:     TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAG                         GGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
genomic: TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAGgtgagtcttc ... atttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
EST: gi|33814147|gb|CF332955.1|CF332955
EST:     TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAG                         GGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT
genomic: TGTGCTAGCTTTGTTGGCTCAAGTTCACAATGGGAGGTTGTGTGGGCAAGgtgagtcttc ... atttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttaccacatatattgatttgtgatgtttcttttatttatgttcatttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTTCATGTCATAACAAGCAAAGAGGACTGGGATAGGAAGATTGAAGAAGCAA
            tattgat  putative branch site (score: 3)
                                          ttcattt  putative PPT
                           tttcttttatttatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtcttccaaaaccataattgatatttagcggttcatcatggctgttcaatttaccacatatattgatttgtgatgtttcttttatttatgttcatttgttcagGGACGACGACATATTGAGGAAGACAAGCTTGATTTCAAAGGTGGAAATGTTCATGTCATAACAAGCAAAGAGGACTGGGATAGGAAGATTGAAGAAGCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA