1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtcttccctttgtccatcatgtttgacatatcagtgttatatagtgcagttttctcataatgtttgacctttcagGAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATGTGGATTGGCAATCAGTACCTATTTCAGTGCTTTGAAGGTGTTATGGTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g55410.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTATACAATGCCATTGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAG GAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATGEST: gi|29659182|gb|CB655457.1|CB655457
genomic: CTATACAATGCCATTGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAGgtcttccctt ... gacctttcagGAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATG
EST: CTATACAATGCCATTGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAG GAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATGEST: gi|58585816|gb|CF984124.1|CF984124
genomic: CTATACAATGCCATTGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAGgtcttccctt ... gacctttcagGAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATG
EST: CTATACAATGCCGTGGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAG GAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCAAGACATGEST: gi|29655884|gb|CB652159.1|CB652159
genomic: CTATACAATGCCATTGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAGgtcttccctt ... gacctttcagGAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATG
EST: CTTTACAATGCCATTGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAG GAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATG
genomic: CTATACAATGCCATTGTATGGATGGATGCTCGCACAAGCCCCATTTGCAGgtcttccctt ... gacctttcagGAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATG
gtttgacatatcagtgttatatagtgcagttttctcataatgtttgacctttcagGAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATGTGGATTGGCAATCAGTACCTATTTCAGTGCTTTGAAGGTGTTATGGTTG
gtttgac putative branch site (score: 19)
cctttc CT-rich tract
tgttatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcttccctttgtccatcatgtttgacatatcagtgttatatagtgcagttttctcataatgtttgacctttcagGAGATTGGAAAGTGATCTTTCTGGTGGTAGAACCCACTTTGTCGAGACATGTGGATTGGCAATCAGTACCTATTTCAGTGCTTTGAAGGTGTTATGGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG