1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tttattgtgaacctgtaccttcacagctcaacaaacgcaaatcatatactgcagttgcatacctgatctgcaccacttatattacaatttgaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGATCAAATGGGGATACCAAGAGGGGAAAACATTATTTGGATTTGGTTATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g52500.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGEST: gi|29644323|gb|CB649330.1|CB649330
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGEST: gi|29614248|gb|CB619261.1|CB619261
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGEST: gi|29625183|gb|CB630194.1|CB630194
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATEST: gi|117240482|gb|CT842833.1|CT842833
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTAT
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGEST: gi|29627575|gb|CB632586.1|CB632586
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
EST: CTGACGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGEST: gi|29665282|gb|CB661557.1|CB661557
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGEST: gi|29614207|gb|CB619220.1|CB619220
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGEST: gi|29614250|gb|CB619263.1|CB619263
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
EST: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATG ATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
genomic: CTGAGGATAGATATGGACTATACGCTATTGACACTCTGGACCCCGACATGgtaaaacatt ... gaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATG
atactgcagttgcatacctgatctgcaccacttatattacaatttgaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGATCAAATGGGGATACCAAGAGGGGAAAACATTATTTGGATTTGGTTATG
acctgat putative branch site (score: 13)
acttatattacaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttattgtgaacctgtaccttcacagctcaacaaacgcaaatcatatactgcagttgcatacctgatctgcaccacttatattacaatttgaattagcagATCATTGGCGATGATAGTGTTTGCTACTATCACGACATGATAGTGCAAATGATCAAATGGGGATACCAAGAGGGGAAAACATTATTTGGATTTGGTTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - -cctgtac
- - - - - - - - - cttcaca
- - - - - - - - - - - - - - caacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tactgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atctgca