1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ctgatcaaacttgatctttcgttacagcggcttcaattctgatagatagccgtactgtggtagtactatatatgtaacgctaatgcacacacttttgcagTTCGATACACAAGGTGAGATTGTGGGGGGAGCGATTGACTACTGATTGATCCGTCTCGTCGTCGTCGATCGAGGAGAGGGAGGCAGATAGGGAGAGGGGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g51172.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atagccgtactgtggtagtactatatatgtaacgctaatgcacacacttttgcagTTCGATACACAAGGTGAGATTGTGGGGGGAGCGATTGACTACTGATTGATCCGTCTCGTCGTCGTCGATCGAGGAGAGGGAGGCAGATAGGGAGAGGGGG
cgctaat putative branch site (score: 2)
cactttt putative PPT
tactatatatgtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgatcaaacttgatctttcgttacagcggcttcaattctgatagatagccgtactgtggtagtactatatatgtaacgctaatgcacacacttttgcagTTCGATACACAAGGTGAGATTGTGGGGGGAGCGATTGACTACTGATTGATCCGTCTCGTCGTCGTCGATCGAGGAGAGGGAGGCAGATAGGGAGAGGGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- gatcaaa
- - - - - - - - - - - - - -cggcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgtactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgcac