1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...attaatgaagttagacttagatcagttctgcaccacaccaatccctgataattccaaaaggttggctggaatgagctaattgagcatatccttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCATTTTGAGGATGTTGGAAGTCGAGCATCCAGCAGCCAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g46620.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88729781|gb|CI753291.1|CI753291
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88729236|gb|CI752746.1|CI752746
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88728801|gb|CI752311.1|CI752311
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88389824|gb|CI626593.1|CI626593
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88718267|gb|CI741356.1|CI741356
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88576618|gb|CI670763.1|CI670763
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|86826131|gb|CI311004.1|CI311004
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88717868|gb|CI739380.1|CI739380
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88828143|gb|CI778708.1|CI778708
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88358293|gb|CI606802.1|CI606802
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88334889|gb|CI648664.1|CI648664
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGACCAACCEST: gi|88395151|gb|CI609467.1|CI609467
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88372614|gb|CI610937.1|CI610937
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|13807435|gb|AU181953.1|AU181953
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88738876|gb|CI762384.1|CI762384
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88727969|gb|CI751479.1|CI751479
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88695933|gb|CI739508.1|CI739508
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88424401|gb|CI607987.1|CI607987
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88301610|gb|CI597303.1|CI597303
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGAAAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88350316|gb|CI623254.1|CI623254
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88314778|gb|CI608237.1|CI608237
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88396969|gb|CI578118.1|CI578118
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88425784|gb|CI571684.1|CI571684
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88416925|gb|CI573640.1|CI573640
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88693330|gb|CI736905.1|CI736905
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88426602|gb|CI579431.1|CI579431
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88315088|gb|CI610147.1|CI610147
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88694725|gb|CI738763.1|CI738763
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|58682634|gb|CK071321.1|CK071321
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88727997|gb|CI751507.1|CI751507
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGANAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88354225|gb|CI637791.1|CI637791
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88723173|gb|CI746683.1|CI746683
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88355132|gb|CI651835.1|CI651835
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|29682947|gb|CB679222.1|CB679222
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88407733|gb|CI607867.1|CI607867
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|58653426|gb|CK042106.1|CK042106
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88336708|gb|CI643883.1|CI643883
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCEST: gi|88692280|gb|CI735855.1|CI735855
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
EST: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAG ATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
genomic: CGGTGGCCAACATCGTTAAGTCCTCGCTTGGGCCCGTGGGGCTCGACAAGgtttgtacct ... cttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACC
tgataattccaaaaggttggctggaatgagctaattgagcatatccttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCATTTTGAGGATGTTGGAAGTCGAGCATCCAGCAGCCAAG
agctaat putative branch site (score: 17)
tatccttctt putative PPT
taattga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attaatgaagttagacttagatcagttctgcaccacaccaatccctgataattccaaaaggttggctggaatgagctaattgagcatatccttcttgtagATGCTTGTGGATGATATTGGTGATGTTACCATAACAAATGATGGAGCAACCATTTTGAGGATGTTGGAAGTCGAGCATCCAGCAGCCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - -ttctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - acaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggctgg