1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtgaatgtgggtttgattcagttcctatttatgtatagcaatgatgaacttgtttgtttggtagcaccaaatattattttccagagatgacctattattctttcggtctttgcctaacattcatctcccaacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGAAAAATGAGGTGGTGCAAGAATTCAGGAAGTCCTTTCAGGATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g46480.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAATGTGCTGGAAGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAG AAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGEST: gi|86504614|gb|CI147247.1|CI147247
genomic: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
EST: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAG AAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGEST: gi|88832610|gb|CI008206.1|CI008206
genomic: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
EST: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAG AAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGEST: gi|87010029|gb|CI277530.1|CI277530
genomic: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
EST: GGAATGTGTTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAG AAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGEST: gi|86493225|gb|CI135858.1|CI135858
genomic: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
EST: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAG AAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGEST: gi|86595001|gb|CI258255.1|CI258255
genomic: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
EST: CTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAG AAAATGGTTATGCCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGEST: gi|9865414|gb|AU101164.1|AU101164
genomic: CTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
EST: GGAATGTNCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAG AAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGEST: gi|29656871|gb|CB653146.1|CB653146
genomic: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
EST: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTATTCTGTCCAG AAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
genomic: GGAATGTGCTGGATGCATTCCACCTATTGCAAGTAGATTCTTCTGTCCAGgtgaatgtgg ... caacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATG
gagatgacctattattctttcggtctttgcctaacattcatctcccaacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGAAAAATGAGGTGGTGCAAGAATTCAGGAAGTCCTTTCAGGATG
gcctaac putative branch site (score: 9)
ttcatctccc CT-rich tract
tattattcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaatgtgggtttgattcagttcctatttatgtatagcaatgatgaacttgtttgtttggtagcaccaaatattattttccagagatgacctattattctttcggtctttgcctaacattcatctcccaacatgcagAAAATGGTTATGGCCTTGTCAACTGATAAGTCTGTATGGGATGCCGTGATGAAAAATGAGGTGGTGCAAGAATTCAGGAAGTCCTTTCAGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG