1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatgcaaatgcattttatatagcattatgtttgctggatcatcttaaagtttgaacatttcatctggcatctaacgtacagACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGATGCTAAATCAGCTGAGTCTCTCAAGCAATTGGAGCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g55560.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGCTCATTGGCAGTGGAACATTTGGATGTGTATATGAGGCCGCCAATAG ACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGAEST: gi|58670049|gb|CK058735.1|CK058735
genomic: AAGCTCATTGGCAGTGGAACATTTGGATGTGTATATGAGGCCGCCAATAGgtatgcaaat ... taacgtacagACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGA
EST: AAGCTCATTGGCAGTGGAACATTTGGATGTGTATATGAGGCCGCCAATAG ACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGAEST: gi|29619872|gb|CB624884.1|CB624884
genomic: AAGCTCATTGGCAGTGGAACATTTGGATGTGTATATGAGGCCGCCAATAGgtatgcaaat ... taacgtacagACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGA
EST: AAGCTCATTGGCAGTGGAACATTTGGATGTGTATATGAGGCCGCCAATAG ACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGA
genomic: AAGCTCATTGGCAGTGGAACATTTGGATGTGTATATGAGGCCGCCAATAGgtatgcaaat ... taacgtacagACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGA
atgtttgctggatcatcttaaagtttgaacatttcatctggcatctaacgtacagACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGATGCTAAATCAGCTGAGTCTCTCAAGCAATTGGAGCAG
atctaac putative branch site (score: 8)
ttaaagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgcaaatgcattttatatagcattatgtttgctggatcatcttaaagtttgaacatttcatctggcatctaacgtacagACACACTGGAGCTCTGTGTGCCATGAAAGAGGTCAACATAATTCCCGATGATGCTAAATCAGCTGAGTCTCTCAAGCAATTGGAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG