1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaaatcgctggccacgggaacctgcagaaacagattatcaactagtaattaatttgaatgcaaagtttgatccggaattgatgaaaacactgtgcatgaacctctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g53150.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|87032502|gb|CI266142.1|CI266142
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|58603884|gb|CK014412.1|CK014412
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACEST: gi|88984831|gb|CI011778.1|CI011778
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTAC
EST: CTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACCATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|86595238|gb|CI262476.1|CI262476
genomic: CTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|8860135|gb|AU097453.1|AU097453
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: TTCACCGCAANCTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGNCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAEST: gi|87013733|gb|CI269232.1|CI269232
genomic: TTCACCGCAA-CTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATG-A
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|58686964|gb|CK075651.1|CK075651
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|8856221|gb|AU093539.1|AU093539
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGNAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAEST: gi|87013621|gb|CI269120.1|CI269120
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTG-AATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAA
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|87018381|gb|CI265673.1|CI265673
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|8856770|gb|AU094088.1|AU094088
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|58679632|gb|CK068319.1|CK068319
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: TTCACCGCAACTG GGAACCATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACCACTTATGAAGEST: gi|88203351|gb|CI203200.1|CI203200
genomic: TTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|18387131|gb|BM420329.1|BM420329
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: -GACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAAC-ATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|88456767|gb|CI544704.1|CI544704
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: ACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|86602330|gb|CI262799.1|CI262799
genomic: ACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|87018941|gb|CI256826.1|CI256826
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTGTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|88242474|gb|CI242323.1|CI242323
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: AGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGEST: gi|58596036|gb|CK006564.1|CK006564
genomic: AGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
EST: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTG GGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
genomic: GGACCTCTCCCTTGCTCTGCAGAAGATGTTCGGCACCTTCACCGCAACTGgtaaatcgct ... tctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAG
atgcaaagtttgatccggaattgatgaaaacactgtgcatgaacctctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA
aattgat putative branch site (score: 71)
cctctctgtc putative PPT
aattgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaatcgctggccacgggaacctgcagaaacagattatcaactagtaattaatttgaatgcaaagtttgatccggaattgatgaaaacactgtgcatgaacctctctgtcagGGAACAATATGAATGAGGTGAATGGCTCTGATGCTGTTACAACTTATGAAGACAAGGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCGTGGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG