1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gggtgctcccatttatttaccaatttatataatcacatttgaatattttgtcctgtaatcaaaatattgtgcttaactatttgtcgttacctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAGTGCCCAAGGGTATTGTCTACGGCAAGCCCAAGCACCAGGGTATCACCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g40180.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|86252426|gb|CI056163.1|CI056163
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EST: AGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|29658085|gb|CB654360.1|CB654360
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EST: ACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|8528007|gb|AU092822.1|AU092822
genomic: ACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: CCACCCGCCCCGACAAGGCCCCGCCGCCTCGGCTTACAAGGCCAAGCCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCCGTTTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCEST: gi|88213197|gb|CI213046.1|CI213046
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genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|86822956|gb|CI251961.1|CI251961
genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|86855000|gb|CI263067.1|CI263067
genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|87026615|gb|CI254721.1|CI254721
genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: CCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACCAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|86593230|gb|CI255692.1|CI255692
genomic: CCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTA-CAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: CAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|29658086|gb|CB654361.1|CB654361
genomic: CAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|87013370|gb|CI265468.1|CI265468
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EST: AGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|38478414|gb|CF962547.1|CF962547
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EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|58693675|gb|CK082362.1|CK082362
genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|86601727|gb|CI256232.1|CI256232
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EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|13806988|gb|AU181763.1|AU181763
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EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|86495046|gb|CI137679.1|CI137679
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EST: GCCCCACCGGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGT-AGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|218493933|gb|FG950646.1|FG950646
genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|29624512|gb|CB629523.1|CB629523
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EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|87020526|gb|CI263389.1|CI263389
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genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
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EST: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAG GGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|87016619|gb|CI275621.1|CI275621
genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
EST: GCCGCCTCGGCTACAAGCCCAAGCAG GGTTATGTGGTTAACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAEST: gi|29658150|gb|CB654425.1|CB654425
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genomic: GCCCCACCCGCCCCGACAAGGCCCGCCGCCTCGGCTACAAGGCCAAGCAGgttacctccc ... ctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCA
ttttgtcctgtaatcaaaatattgtgcttaactatttgtcgttacctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAGTGCCCAAGGGTATTGTCTACGGCAAGCCCAAGCACCAGGGTATCACCC
gcttaac putative branch site (score: 3)
tcgttacctttcctc putative PPT
tgtaatcaaaatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggtgctcccatttatttaccaatttatataatcacatttgaatattttgtcctgtaatcaaaatattgtgcttaactatttgtcgttacctttcctcagGGTTATGTGGTTTACCGTGTCCGTGTGAGGCGTGGTGGCAGGAAGAGGCCAGTGCCCAAGGGTATTGTCTACGGCAAGCCCAAGCACCAGGGTATCACCC
- -tgctccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - acatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atcaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttaa